求助：PDB得到的结构如何转化为XYZ格式

lcdamoy · 发表于 Post on 2020-4-5 21:44:17

PDB得到的结构一般可以用MULTIWFN来提取XYZ结构，但通常不含氢；如果想要加上氢再提取XYZ结构，请问如何做？

snljty · 发表于 Post on 2020-4-5 21:55:11

GaussView就可以，虽然不能存xyz，存个gjf手动改或者用Multiwfn转换就行了

robert2005 · 发表于 Post on 2020-4-5 22:08:22

DISCOVERY STUDIO VISUALIZER可以打开加氢之后的PDB文件，再SAVE AS转存为xyz文件。

lcdamoy · 发表于 Post on 2020-4-6 08:00:39

snljty 发表于 2020-4-5 21:55
GaussView就可以，虽然不能存xyz，存个gjf手动改或者用Multiwfn转换就行了

原子太多手动不现实，但是加氢之后的gjf好像multiwfn识别不了

snljty · 发表于 Post on 2020-4-6 08:35:27

本帖最后由 snljty 于 2020-4-6 08:37 编辑

lcdamoy 发表于 2020-4-6 08:00
原子太多手动不现实，但是加氢之后的gjf好像multiwfn识别不了

pdb转的gjf有原子类型那个括号，删了就行。我忘了这件事了。或者存个别的格式再倒腾过来。

lcdamoy · 发表于 Post on 2020-4-6 09:02:47

snljty 发表于 2020-4-6 08:35
pdb转的gjf有原子类型那个括号，删了就行。我忘了这件事了。或者存个别的格式再倒腾过来。

PDB转的GJF确实有个括号，最后一列还有别的符号，原子数目多了不好手动删；
通过GV加氢再保存为MOL2格式，就可以用MULTIWFN转到xyz了

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-4-6 22:45:15

用openbabel转一下就行了

lcdamoy · 发表于 Post on 2020-4-9 09:49:19

fhh2626 发表于 2020-4-6 22:45
用openbabel转一下就行了

谢谢，这个软件很便捷。另外，请问这里加氢之后会比GAUSSVIEW加氢多出来几个原子，以哪个为准呢？我不是做生物这块的、、

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-4-9 10:04:38

lcdamoy 发表于 2020-4-9 09:49
谢谢，这个软件很便捷。另外，请问这里加氢之后会比GAUSSVIEW加氢多出来几个原子，以哪个为准呢？我不是 ...

你用可视化软件看一下分子结构不就行了。。。

感觉Openbabel很少出错

天道啊啊 · 发表于 Post on 2020-4-9 14:31:08

个人觉得DISCOVERY STUDIO VISUALIZER （我问了一下国内的代理，这个可视化软件是免费的，图片放到文章也没有问题）自动加氢比较方便，用Openbabel的时候有时会出现化学键连接错误

小新 · 发表于 Post on 2021-3-28 16:12:40

请问一下，怎么用Multiwfn将.gjf转换成.xyz

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-28 16:38:45

小新发表于 2021-3-28 16:12
请问一下，怎么用Multiwfn将.gjf转换成.xyz

启动Multiwfn，载入gjf，进入主功能100的子功能2，选择导出xyz

zjxitcc · 发表于 Post on 2021-3-29 00:06:27

小新发表于 2021-3-28 16:12
请问一下，怎么用Multiwfn将.gjf转换成.xyz

复制一份gjf文件，打开文件将前几行关键词删去，
第一行写原子数
第二行随便写
第三行开始是坐标
保存，改后缀为.xyz即可。

小新 · 发表于 Post on 2021-8-19 10:53:53

sobereva 发表于 2021-3-28 16:38
启动Multiwfn，载入gjf，进入主功能100的子功能2，选择导出xyz

好的谢谢

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