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[新手求助] 如何比较不同分子间作用力大小

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老师好,目前想要计算并比较分子A分别与分子B,C,D之间的相互作用和作用的强弱。可以用DFT-D的方法:E_interaction = E_AB - E(A) - E(B) + E_BSSE,分别计算A与B,A与C,A与D间的弱相互作用能,然后进行比较,通过能量的大小来比较相互作用强弱吗?谢谢老师

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发表于 Post on 2020-4-9 07:08:23 | 只看该作者 Only view this author
这和DFT-D根本没有任何必然关系(看《谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”》http://sobereva.com/413),只要强调计算用的级别合理就够了。而且也不是必须考虑BSSE,其必要性取决于当前用的基组是否够大、是否用gCP等其它方法解决,看

可以通过结合能说明。但要必须保证AB是二聚体能量最低构型,简单情况凭直觉就能判断,复杂情况需要做构型搜索,参看
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

此外,不要轻易用“作用力”一词,见
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-16 10:28:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-9 07:08
这和DFT-D根本没有任何必然关系(看《谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”》http://sobereva.com/413 ...

老师好,十分感谢您的解答。我只是想计算一个DNA分子片段和一个乙醇分子间的结合能,不是团簇。也需要用molclus做初始构象,然后用高斯对初始构象进行结构优化来计算结合能吗

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发表于 Post on 2020-4-16 13:33:13 | 只看该作者 Only view this author
三三33 发表于 2020-4-16 10:28
老师好,十分感谢您的解答。我只是想计算一个DNA分子片段和一个乙醇分子间的结合能,不是团簇。也需要用m ...


显然乙醇有很多可能结合的位置,这种情况就需要做构型搜索
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-16 15:59:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-16 13:33

显然乙醇有很多可能结合的位置,这种情况就需要做构型搜索

老师好,像我这种情况主要计算结合能,如果用genmer的话,是不是一个团簇就可以,参数设置成这样可以吗
ngen= 1
----
1
examples\DNA.xyz
1
examples\ethanol.xyz

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发表于 Post on 2020-4-16 18:30:26 | 只看该作者 Only view this author
三三33 发表于 2020-4-16 15:59
老师好,像我这种情况主要计算结合能,如果用genmer的话,是不是一个团簇就可以,参数设置成这样可以吗
...

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发表于 Post on 2020-4-19 11:56:29 | 只看该作者 Only view this author
三三33 发表于 2020-4-16 15:59
老师好,像我这种情况主要计算结合能,如果用genmer的话,是不是一个团簇就可以,参数设置成这样可以吗
...

ngen= 1(随机生成1个构型)怎么够用,用molclus的思路 是随机生成大量构型,然后通过量化软件计算寻找能量最低的构型。ngen= 1这个参数起码也要改成几百

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-21 12:30:29 | 只看该作者 Only view this author
天道啊啊 发表于 2020-4-19 11:56
ngen= 1(随机生成1个构型)怎么够用,用molclus的思路 是随机生成大量构型,然后通过量化软件计算寻找能量 ...

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2020-4-22 05:34:28 | 只看该作者 Only view this author

ngen设100,结合xtb优化,用于初筛目的足够了,之后剩<10个留给DFT进一步优化
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-29 15:38:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-22 05:34
ngen设100,结合xtb优化,用于初筛目的足够了,之后剩

老师我现在已经molclus调用高斯用DFT优化得到了数据,接下来有什么简便方法可以求的分子间的结合能啊

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发表于 Post on 2020-4-30 07:21:16 | 只看该作者 Only view this author
三三33 发表于 2020-4-29 15:38
老师我现在已经molclus调用高斯用DFT优化得到了数据,接下来有什么简便方法可以求的分子间的结合能啊

公社首页论坛搜结合能,一搜一大把

Gaussian有现成的关键词就可以得到:
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46

ORCA里的做法参考比如
在ORCA中做counterpoise校正并计算分子间结合能的例子
http://sobereva.com/542http://bbs.keinsci.com/thread-16585-1-1.html

对于氢键类型体系,还专门有其它方法比如
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度:一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html
计算分子内氢键键能的几种方法
http://sobereva.com/522http://bbs.keinsci.com/thread-15496-1-1.html

另外还有其它做法,诸如
使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析
http://sobereva.com/442http://bbs.keinsci.com/thread-10907-1-1.html
使用PSI4做对称匹配微扰理论(SAPT)能量分解计算
http://sobereva.com/526http://bbs.keinsci.com/thread-15902-1-1.html


所以做法很多,看具体体系、具体目的、具体程序
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-30 09:15:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-30 07:21
公社首页论坛搜结合能,一搜一大把

Gaussian有现成的关键词就可以得到:

谢谢老师,感谢您

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