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[综合交流] 请问蛋白质载体和小分子物质可以用DPD,MD和DFT来结合运算吗各位

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楼主
请问各位老师,我想用蛋白质分子为载体比如玉米醇溶蛋白,小分子物质为负载物如姜黄素,以DPD研究姜黄素释放行为,结合MD运算玉米醇溶蛋白-姜黄素后,取一帧用DFT研究两者之间的相互作用。可以实现吗?蛋白类是不是还是用分子对接比较合适呢

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发表于 Post on 2020-4-11 22:37:47 | 只看该作者 Only view this author
完全没必要也不应当用DPD,直接上全原子MD就完了
取某些有代表性的结构做DFT计算没问题
和分子对接没直接关系,除非你不知道负载的位置是哪里
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-12 09:42:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-11 22:37
完全没必要也不应当用DPD,直接上全原子MD就完了
取某些有代表性的结构做DFT计算没问题
和分子对接没直接 ...

谢谢老师的指导,但是全原子MD好像不能观察到负载物释放的一个动态行为

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发表于 Post on 2020-4-13 10:00:07 | 只看该作者 Only view this author
大王雷 发表于 2020-4-12 09:42
谢谢老师的指导,但是全原子MD好像不能观察到负载物释放的一个动态行为

怎么可能不能观察
MD给你原子层面随时间变化的信息,比DPD描述精度高一个层级,只有MD能体现的而粗糙的DPD不能体现(诸如释放过程中蛋白质与小分子之间的原子间相互作用细节),而不可能有DPD能体现的MD却不能体现的信息
貌似你对DPD和全原子MD有极度的误解
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-13 12:02:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-13 10:00
怎么可能不能观察
MD给你原子层面随时间变化的信息,比DPD描述精度高一个层级,只有MD能体现的而粗糙的D ...

好的,谢谢老师耐心指导

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