如何从分子动力学模拟洞见化学反应特性？

15810593730 · 发表于 Post on 2020-4-15 17:11:44

实验室发现某种分子在水溶液中二聚时有多种构象，在一定反应条件下（如光照），特异性选择了某种二聚反应路径。本人做的体系稍大，所以用gromacs跑的。但根据两分子接近时的构象特征，如从质心、法向量夹角、反应键夹角，又看不出什么倾向性。有没有什么文献介绍过从分子动力学角度解决"选择性反应"的文章？比较好的区分构象的序参量也行。我目前了解到的就是一知半解的topochemistry。

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-16 12:54:42

可以用xtb跑GFN-xTB的MD，能直接模拟从接触到发生反应的整个过程，有几百个原子也照样跑得动

另外，具体怎么解释，还得考虑反应机理。最好先做量化计算把反应路径都找出来，结合不同构象发生反应的势垒去讨论影响因素

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[GROMACS] 如何从分子动力学模拟洞见化学反应特性？