Lammps LJ单位的交流

chittyda

有关Lammps的LJ单位的在mannual中的解读如下：

• mass = mass or m
• distance = sigma, where x* = x / sigma
• time = tau, where t* = t (epsilon / m / sigma^2)^1/2
• energy = epsilon, where E* = E / epsilon
• velocity = sigma/tau, where v* = v tau / sigma
• force = epsilon/sigma, where f* = f sigma / epsilon
• torque = epsilon, where t* = t / epsilon
• temperature = reduced LJ temperature, where T* = T Kb / epsilon
• pressure = reduced LJ pressure, where P* = P sigma^3 / epsilon
• dynamic viscosity = reduced LJ viscosity, where eta* = eta sigma^3 / epsilon / tau
• charge = reduced LJ charge, where q* = q / (4 pi perm0 sigma epsilon)^1/2
• dipole = reduced LJ dipole, moment where *mu = mu / (4 pi perm0 sigma^3 epsilon)^1/2
• electric field = force/charge, where E* = E (4 pi perm0 sigma epsilon)^1/2 sigma / epsilon
• density = mass/volume, where rho* = rho sigma^dim
  

大体上知道了LJ相关单位是怎么回事，例如一个体系中有A,B,C,D四种原子，那么会有多个sigma和epsilon，利用混合规则可以得到原子间sigma和epsilon，此时如果规定了其中一个sigma为1，那么另外的sigma就会随之改变，由此定义了相关的pair参数。有两个问题：（1）以此理解类推，如果fix 1 all nvt 1.0 1.0 0.1，即是指温度保持不变做0.1T下的tdamp进行模拟，那此时的模拟是如何体现具体what温度下的平衡状态呢？这时T*=T*Kb / epsilon的意义是什么？难道要实现温度的意义就要定义real形式？（感觉不会是这样，应该还是有别的理解方法吧，个人觉得这个问题很基础但又很关键，希望路过的大神解释下）（2）之前根据大家的方法输出了data文件，此时如果原子定义成lj类型，那data文件中不同单位的坐标、参数岂不是都要随着进行改变？想知道大家如何解决这个问题的？

希望大家不吝赐教，谢谢！