求助改变gmx hbond氢键距离阈值，得到的结果如何分析。

明园 · 发表于 Post on 2020-4-25 22:10:47

卢老师，我用了这个命令：gmx hbond -s xxx.tpr -f xxx_noPBC.xtc -dist hbond.xvg -r 0.6 改变了氢键的距离阈值，请问老师角度范围还是gmx默认的30度吗？
我用这个命令得到的图是这样的，请问Y轴是表示氢键的数量吗？

liuyuje714 · 发表于 Post on 2020-4-26 00:03:53

角度判定当然还是默认的30。Y轴不是氢键数目，是分布曲线，为了让面积积分为1。

明园 · 发表于 Post on 2020-4-26 18:32:35

liuyuje714 发表于 2020-4-26 00:03
角度判定当然还是默认的30。Y轴不是氢键数目，是分布曲线，为了让面积积分为1。

好的谢谢老师

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[GROMACS] 求助改变gmx hbond氢键距离阈值，得到的结果如何分析。