Sander并行速度问题

qmlearner · 发表于 Post on 2020-4-26 17:33:18

本帖最后由 qmlearner 于 2020-4-26 17:52 编辑

用GNU编译的ambertools19,
体系差不多有100600个原子（C、H、O、N、P、Cl-(几个)），用Sander.MPI 跑常规MD，32核，跑1ns要25个小时，照这个速度想跑us级的话得好几年，不太现实。。
假设用96核时，计算速度能提高到3倍，那么跑1us也需要差不多10个多月。。。（是否能提高3倍还未测试，计算资源太紧张T_T）
想请教下这个体系大小，这个速度是正常的么？

另外用intel编译器编译的话速度是否会快一点呢？有没有有经验的同志可以给点指点？

puzhongji · 发表于 Post on 2020-4-26 19:15:48

核数越多速度并不会越快。买2000块的显卡，us级预计一周。

qmlearner · 发表于 Post on 2020-4-26 19:37:44

puzhongji 发表于 2020-4-26 19:15
核数越多速度并不会越快。买2000块的显卡，us级预计一周。

您的意思是用GPU？这样的话就是用amber中的pmemd.cuda，但amber好像不免费耶。。。

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-27 00:15:18

显然先考虑上GPU，PMEMD也卖得没多贵。而且就算不用GPU，那么大体系还模拟那么长时间，显然也不可能用sander来跑

要么换成gromacs，用CPU跑的速度甩sander一条街

用ifort编译肯定比gfortran快

Daniel_Arndt · 发表于 Post on 2020-4-27 03:41:21

qmlearner 发表于 2020-4-26 19:37
您的意思是用GPU？这样的话就是用amber中的pmemd.cuda，但amber好像不免费耶。。。

Amber卖给学术界的价钱真的不算贵。你应该还没见识过真的卖得贵、乃至于黑心的商家。

qmlearner · 发表于 Post on 2020-4-27 09:22:44

本帖最后由 qmlearner 于 2020-4-27 12:22 编辑

sobereva 发表于 2020-4-27 00:15
显然先考虑上GPU，PMEMD也卖得没多贵。而且就算不用GPU，那么大体系还模拟那么长时间，显然也不可能用sande ...

了解了，感谢社长。
主要是后面要跑qm/mm模拟，但gromacs好像除了dftb接口之外，其他的像gaussian\orca这些，开发者都已经不维护了？相对来说amber这方面要好点儿，所以最开始就想的是一路用amber。
如果长MD用gromacs跑，然后再换到amber，需要进行格式的转换。刚搜了一下，parmed可以实现amber to gromacs 的转换，不知道能否进行gromacs to amber的转换？如果可以的话，先gromacs 跑MD，然后amber跑qm/mm不知道是否可行？这么大个体系，qm 120个原子左右，跟orca联用，B3LYP方法，跑个几ns不知道是否现实？

qmlearner · 发表于 Post on 2020-4-27 09:23:40

Daniel_Arndt 发表于 2020-4-27 03:41
Amber卖给学术界的价钱真的不算贵。你应该还没见识过真的卖得贵、乃至于黑心的商家。

看官网academic机构价格是500刀，是挺良心了：）

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-28 07:37:29

qmlearner 发表于 2020-4-27 09:22
了解了，感谢社长。
主要是后面要跑qm/mm模拟，但gromacs好像除了dftb接口之外，其他的像gaussian\orca ...

ParmED可以将gmx的拓扑文件转换成amber的
你说的做法原理上可能可行，但也得看具体怎么做、什么体系、怎么划分之类
几ns没戏。或者你先单独用ORCA算个120原子左右体系的engrad任务，乘以MD步数，估计一下花多少时间看看是否是你可接受的范围

qmlearner · 发表于 Post on 2020-4-28 10:43:21

sobereva 发表于 2020-4-28 07:37
ParmED可以将gmx的拓扑文件转换成amber的
你说的做法原理上可能可行，但也得看具体怎么做、什么体系、怎 ...

多谢社长：））

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