求助~溴Br基组选择问题

Somnus荣小荣 · 发表于 Post on 2020-4-29 09:14:17

老师好，想求助一下，最近在算一个包含C,H,O,S.Br原子的小分子体系，老师让使用M062x方法和6-311++G（3df，3pd）基组（该基组很恶心，但是我老师让用没办法），我在EMSL上发现对Br原子没有该基组，但是在高斯手册了这个基组似乎又是对Br适用的，老师请问一下这种情况是怎么回事儿呢，后面看了一些文献，发现对Br好像很多人用aug-cc-PVnZ一类的，

Somnus荣小荣 · 发表于 Post on 2020-4-29 09:15:05

这个体系是计算反应机制的

sobereva · 发表于 Post on 2020-4-29 09:56:24

有别人回复之前，要补充的内容不要在回帖里补充，应当直接编辑原帖

对于不少元素，尤其是周期靠后的，Pople系列基组在不同场合（数据库、程序）的地方往往有所不同，跟元素有关。仔细看程序手册里基组部分引用的原文

没有前提条件下，随便给Br用aug-cc-pVnZ在很多情况下都是显著不合理的行为

wxhwbh · 发表于 Post on 2020-4-29 09:58:42

我觉得适合用什么基组就用什么，老师不同意就拿相关的文章去说服他，不然用到不好的基组拿到不好的结果最后还是自己吃亏

Somnus荣小荣 · 发表于 Post on 2020-4-29 10:30:18

sobereva 发表于 2020-4-29 09:56
有别人回复之前，要补充的内容不要在回帖里补充，应当直接编辑原帖

对于不少元素，尤其是周期靠后的，Po ...

下次注意，好的谢谢老师，那我看一下高斯手册里的基组部分。

Somnus荣小荣 · 发表于 Post on 2020-4-29 10:30:36

wxhwbh 发表于 2020-4-29 09:58
我觉得适合用什么基组就用什么，老师不同意就拿相关的文章去说服他，不然用到不好的基组拿到不好的结果最后 ...

嗯嗯谢谢您

AndrewX · 发表于 Post on 2022-3-28 02:15:44

我也遇到了类似的问题，目前在算铀酰与溴代苯甲酸的配合物体系，导师非要我对有机原子都用6-311++G**基组（对铀用SDD），现在在算溴原子转移的过渡态总是报错l9999（不震荡），拿相应的算好的氟转移过渡态结构将氟替换为溴来做初猜，依然几何不收敛且不震荡，在考虑要不要换基组，可是要是重算的话工作量有点大，想确认一下是不是基组的问题，或者是我摆的结构有问题?还想知道题主后面是如何处理的呢？
PS:已算出的氟原子转移过渡态和失败的溴原子转移过渡态文件在附件中。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-3-28 03:16:55

AndrewX 发表于 2022-3-27 19:15
我也遇到了类似的问题，目前在算铀酰与溴代苯甲酸的配合物体系，导师非要我对有机原子都用6-311++G**基组（ ...

首先，优化不出来过渡态未必是错的，有可能过渡态根本不存在，这个反应可能是无垒反应。建议做一个柔性扫描，确认这个反应是不是无垒反应，如果扫描曲线上没有势垒，就是无垒反应；如果扫描曲线上有势垒，那么扫描曲线最高点一般是很好的过渡态初猜。

AndrewX · 发表于 Post on 2022-3-28 16:05:52

wzkchem5 发表于 2022-3-28 03:16
首先，优化不出来过渡态未必是错的，有可能过渡态根本不存在，这个反应可能是无垒反应。建议做一个柔性扫 ...

谢谢老师的解答，请问我用B3LYP/6-31+G*扫描苯环上的溴原子从碳到铀之间的距离变化合适吗？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-3-28 16:29:26

AndrewX 发表于 2022-3-28 09:05
谢谢老师的解答，请问我用B3LYP/6-31+G*扫描苯环上的溴原子从碳到铀之间的距离变化合适吗？

首先U必须用SDD，溴也可以考虑用SDD。
其次因为你其他计算是用6-311++G**做的（其实6-311+G**就够了，但是用6-311而非6-31这一点是合理的），所以这里用6-31+G*扫描只能作为初步结果，如果你报道的任何结论依赖这个扫描结果，那么这个扫描都必须用和结构优化一样的级别扫描

AndrewX · 发表于 Post on 2022-3-28 20:00:30

wzkchem5 发表于 2022-3-28 16:29
首先U必须用SDD，溴也可以考虑用SDD。
其次因为你其他计算是用6-311++G**做的（其实6-311+G**就够了，但 ...

好的，谢谢老师，这里柔性扫描用6-31+G*主要是想看下有没有势垒，有的话再用来做过渡态初猜

AndrewX · 发表于 Post on 2022-4-3 00:15:45

wzkchem5 发表于 2022-3-28 16:29
首先U必须用SDD，溴也可以考虑用SDD。
其次因为你其他计算是用6-311++G**做的（其实6-311+G**就够了，但 ...

老师您好，我做了柔性扫描，输入和输出放在附件中了，能麻烦您帮忙判断一下是否存在溴转移反应势垒吗？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-4-3 00:56:23

AndrewX 发表于 2022-4-2 17:15
老师您好，我做了柔性扫描，输入和输出放在附件中了，能麻烦您帮忙判断一下是否存在溴转移反应势垒吗？

这种问题自己就能看，在确定你扫描的键长范围足够宽的前提下，扫描曲线的最高点在端点就是没有势垒，否则就是有势垒。

AndrewX · 发表于 Post on 2022-4-3 09:35:46

wzkchem5 发表于 2022-4-3 00:56
这种问题自己就能看，在确定你扫描的键长范围足够宽的前提下，扫描曲线的最高点在端点就是没有势垒，否则 ...

嗯嗯，我看着也觉得是没有势垒的，主要是想麻烦老师帮忙判断一下扫描的结构以及设置的参数是否合理。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-4-3 15:26:53

AndrewX 发表于 2022-4-3 02:35
嗯嗯，我看着也觉得是没有势垒的，主要是想麻烦老师帮忙判断一下扫描的结构以及设置的参数是否合理。

首先一个问题，你苯环上有一个自由基对吧？那样的话必须用broken symmetry初猜，这样才能得到开壳层单重态解，直接把自旋多重度设成1是不够的。或者先像你现在这么做再做stable=opt也行。现在的结果是不能用的。参见http://sobereva.com/82
另外一个次要一点的问题是B3LYP大概率不适合算这个体系（除非有文献证明适合）。参见http://sobereva.com/272

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[新手求助] 求助~溴Br基组选择问题