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楼主 Author: Somnus荣小荣
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[新手求助] 求助~溴Br基组选择问题

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发表于 Post on 2024-3-8 11:07:16 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 JosephZhang 于 2024-3-8 15:28 编辑

我刚接触量子化学计算仅几个月的时间,是新手,目前也遇到相似的问题。我计划使用Gaussian16软件与DFT方法,对两个含有C、H、O、Br原子的含溴大分子有机物分别进行分解路径的理论计算(体系中均有50+个原子),该计算的目的是与实验结合,对主要存在的含溴分解产物进行互相印证。服务器上(linux)可供我使用的计算资源在100个核心左右(由于需要计算的路径比较多,我打算把这些资源分4份,最多32个核心为1组,同时进行4个任务的计算),主要的计算任务包括键解离能、opt+freq结构优化、opt+freq寻找过渡态,以及在找到过渡态的基础上跑IRC。
前期与师兄和导师讨论后,泛函打算选用M06-2X,但是在基组选择上我十分犹豫(已经阅读过卢老师写的关于基组选择、弥散函数的帖子),导师让我使用同一个基组做所有计算(即不使用其他基组算单点能),并且提到了def系列基组,但师兄建议我用pople系列基组就足够,面对上述信息我一直无法拿定主意,之前选用了6-311G(d,p)基组开展了一部分计算,现有以下几个问题想要请教各位老师:
1.我有重算的念头,但是又因为不确定选用的基组是否合适,不舍得放弃之前算完得到的结果,6-311G(d,p)基组不加弥散函数算我这两个含溴体系合适吗?是否需要加上弥散函数,变为6-311G+(d,p)重算?
2.如果一定重算,以我现有的背景与资源,直接使用def系列的def2-TZVP基组是否恰当?需要给该基组加弥散函数吗?
3.之后我很可能还要结合实验,计算金属与金属氧化物(如Cu、Sn、K2CO3等)对上述两种大分子含溴有机物分解路径的影响,此时体系内原子数预计将显著增加,在对金属使用赝势基组后,再对其他原子(包括Br)使用何种基组更合适?不带弥散函数的pople系列基组是否够用?另外,根据文献调研的结果,含溴大分子在金属及金属氧化物表面很可能存在吸附、电子转移等现象,若使用Gaussian16软件来计算,是不是需要在计算过渡态的基础上,再结合Multiwfn软件才能对电子转移现象进行具体分析,具体应该要算哪些内容?
感谢各位老师不吝赐教!
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发表于 Post on 2024-3-8 15:05:42 | 只看该作者 Only view this author
JosephZhang 发表于 2024-3-8 04:07
我刚接触量子化学计算仅几个月的时间,是新手,目前也遇到相似的问题。我计划使用Gaussian16软件对两个含有 ...

你导师的意思应该是,在用了def系列基组的前提下,单点能不需要加大基组。你师兄的意思应该是,结构优化用pople基组就足够了。但不是说你可以用pople基组算单点能。
仅当涉及负电荷比较集中的负离子,例如溴负离子时,才需要加弥散。单知道体系含溴,不足以判断是否需要加弥散函数。
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发表于 Post on 2024-3-8 15:27:54 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-3-8 15:05
你导师的意思应该是,在用了def系列基组的前提下,单点能不需要加大基组。你师兄的意思应该是,结构优化 ...

谢谢老师的回复,我计算过程中使用的是DFT方法,溴的部分只涉及含溴有机物与含溴自由基,在这样的背景下,是不是不再需要给基组加弥散函数了?
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发表于 Post on 2024-3-8 15:43:12 | 只看该作者 Only view this author
JosephZhang 发表于 2024-3-8 08:27
谢谢老师的回复,我计算过程中使用的是DFT方法,溴的部分只涉及含溴有机物与含溴自由基,在这样的背景下 ...

如果其他原子也没有带显著负电荷的(例如氧负离子),那么不需要加
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

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发表于 Post on 2024-3-8 15:56:31 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-3-8 15:43
如果其他原子也没有带显著负电荷的(例如氧负离子),那么不需要加

好的,感谢老师的解答
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