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楼主 Author: liyuanhe211
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[新手求助] 如何进行构象搜索以获得量化计算的初始结构

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-27 00:55:17 | 只看该作者 Only view this author
hplc2008 发表于 2016-1-7 22:02
尝试了一下,个人觉得该软件可能是我不会用,搜索得到的构象不如MOE和Hyperchem,效率倒是高,时间短

注意选择要扫描的torsion

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发表于 Post on 2017-8-15 22:13:52 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 happyknighthawk 于 2017-8-16 01:48 编辑

李老师一楼贴的结构竟然是五味子降三萜(schinortriterpenoid),刚好我就在做这个,因为这类分子的结构比较复杂,时常需要通过计算ECD、NMR等性质来确定其平面结构或立体构型,因而也涉及到构象搜索的问题,楼上提到的Spartan、Macromodel、conflex等程序的确比较好用,但因为是商业软件,价格也比较贵,不购买的话,发文章的时候不太好操作,所以想看看Sob老师开发的Molclus是否合适。
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2388这个帖子中提到使用gentor以扫描方式做分子构象搜索的方法,但过程中需要设定要旋转的键以及旋转方式,想请问李老师,比如对于一楼所示的分子,就只用设定右侧柔性侧链的旋转方式么?还是对整个分子均要进行设定?因为左侧的大环也具有一定的柔性。
谢谢李老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-15 23:57:50 | 只看该作者 Only view this author
happyknighthawk 发表于 2017-8-15 22:13
李老师一楼贴的结构竟然是五味子降三萜(schitriterpenoid),刚好我就在做这个,因为这类分子的结构比 ...

噫,碰到了内行,官能团改成这样看出骨架来了。
Molclus合适,不过gentor考察起来构象数会比较多,环和侧链的构象都应该充分考虑,而且自由能还得算准,才能比较好的模拟光谱,对降三萜这样的大家伙还是有一定难度的。

可以仿照Molclus贴子里提到的动力学方法、选择合适的动力学程序和分子力场产生一批初猜做优化,持续这个过程、直到低能构象数基本不再增加为止,对较大分子、柔性的变量比较多的情况下比扫描方式可能要快一些。

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发表于 Post on 2017-8-16 10:53:30 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2017-8-15 23:57
噫,碰到了内行,官能团改成这样看出骨架来了。
Molclus合适,不过gentor考察起来构象数会比较多,环和 ...

因为每天都看这类结构,所以比较熟悉一点。
谢谢李老师的解答,那我先试试动力学方法。

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发表于 Post on 2017-8-16 17:52:12 | 只看该作者 Only view this author
请问,spartan 勾选搜索计算的能量E, 具体指的是什么能量,谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-8-16 19:24:42 | 只看该作者 Only view this author
quora 发表于 2017-8-16 17:52
请问,spartan 勾选搜索计算的能量E, 具体指的是什么能量,谢谢!

如果用的是分子力学方法,那就是分子力学的总能,即偏离分子力学所规定平衡态所需的能量

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发表于 Post on 2017-8-18 11:24:47 | 只看该作者 Only view this author
怎么知道自己的初始构象是搜索出的系列构象中的哪一个呢?

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发表于 Post on 2017-8-18 12:55:02 | 只看该作者 Only view this author
lq780928 发表于 2017-8-18 11:24
怎么知道自己的初始构象是搜索出的系列构象中的哪一个呢?


初始构象本来和最终得到的构象就没直接关系,毕竟又不是几何优化
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2017-8-18 17:47:01 | 只看该作者 Only view this author
又长知识了 谢谢.

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发表于 Post on 2017-8-26 10:30:28 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
弱弱地问一句,这种小分子的构象优化,量化方法比分子力学的优越性是什么?小分子的构象优化,分子力学或者加个短暂的动力学采样,结果应该可以用了。

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发表于 Post on 2017-8-26 10:35:43 | 只看该作者 Only view this author
霜晨月 发表于 2017-8-26 10:30
弱弱地问一句,这种小分子的构象优化,量化方法比分子力学的优越性是什么?小分子的构象优化,分子力学或者 ...

小分子一般都倾向于用高精度方法,大家恨不能用CCSD(T) 来优化构型,分子力学或者MD主要处理非常大的体系

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发表于 Post on 2017-8-26 10:51:52 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
哦,谢谢

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发表于 Post on 2017-9-4 02:09:58 | 只看该作者 Only view this author
发现一篇最近发表的关于构象搜索(conformation generation)的综述( J. Chem. Inf. Model. 2017, 57, 1747−1756.),分享在这里Conformation Generation: The State of the Art (http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jcim.7b00221?src=recsys

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发表于 Post on 2017-10-21 17:08:43 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2015-9-11 12:23
测试了一下楼上几位回复中的几个软件。考虑到这只是个初始步骤,不需要设定太多的选项,效率也不是那么重要 ...

您好!谢谢您详细的解答!我最近也一直在使用spartan进行构象搜索,的确很快捷方便,但最近有一个化合物(结构见图二)用spartan进行搜索时总是出错(见图一),请问可能是什么原因造成的呢?如何解决?谢谢

图一.png (18.96 KB, 下载次数 Times of downloads: 117)

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发表于 Post on 2017-10-21 23:59:29 | 只看该作者 Only view this author
xuj 发表于 2017-10-21 17:08
您好!谢谢您详细的解答!我最近也一直在使用spartan进行构象搜索,的确很快捷方便,但最近有一个化合物 ...

这个体系做构象搜索根本没意义。柔性体系才有搜索的必要
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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