如何进行构象搜索以获得量化计算的初始结构

xuj · 发表于 Post on 2018-7-9 19:52:53

sobereva 发表于 2015-9-10 08:38
MMFF94对于有机分子一般是十分适合的，而且几乎是最适合的。
建议你先在Chem3D里用MMFF94优化一下，看看优 ...

请教sobereva老师，我最近在做一个柔性较大的化合物的优势构象搜索（如图所示），用spartan进行搜索总出差，然后我用chemdraw中MMFF94进行能量最小化后显示其最小能量为130kcal/mol以上。请问spartan搜索失败的原因可能是什么？如果是因为柔性太强的话该如何进行构象搜索？

sobereva · 发表于 Post on 2018-7-10 04:40:10

xuj 发表于 2018-7-9 19:52
请教sobereva老师，我最近在做一个柔性较大的化合物的优势构象搜索（如图所示），用spartan进行搜索总出 ...

"总出差"需交代清楚
"最小能量为130kcal/mol以上"并没什么问题

xuj · 发表于 Post on 2018-7-10 12:20:06

sobereva 发表于 2018-7-10 04:40
"总出差"需交代清楚
"最小能量为130kcal/mol以上"并没什么问题

谢谢sobereva的回复，错误的提示及output文件分别如图和附件所示！

happyknighthawk · 发表于 Post on 2018-7-10 13:18:54

本帖最后由 happyknighthawk 于 2018-7-10 13:21 编辑

xuj 发表于 2018-7-10 12:20
谢谢sobereva的回复，错误的提示及output文件分别如图和附件所示！

感觉可能是你的软件安装有问题，或者是版本太老（08版？现在都出到16了，网上盗版的也都是14的了），我拿你的分子用Spartan16进行搜索，都是正常的，默认设置下生成10个构象（见附件），然后，除Spartan外，还是有好些构象搜索方法的，比如用社长的molcus软件结合分子动力学软件amber（http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html），比如Grimme的GFN-XTB，比如社长在这个帖子四楼提到的各种软件：MacroModel、MOE、Frog2（免费在线http://mobyle.rpbs.univ-paris-di ... tal.py#forms::Frog2）、Balloon（免费软件http://users.abo.fi/mivainio/balloon/），还有一些综述里面也提到了一些方法和软件：Freely Available Conformer Generation Methods: How Good Are They?（dx.doi.org/10.1021/ci2004658），Conformation Generation: The State of the Art（DOI: 10.1021/acs.jcim.7b00221）

ky_forum-xuj-spartan.xlsx (10.45 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

ky_forum-xuj.Conf.____.mol2 (74.94 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

xuj · 发表于 Post on 2018-7-10 14:23:44

好的，非常感谢您的回复和帮助！

kibZHF · 发表于 Post on 2019-5-14 22:53:02

请问最后怎么导出这些构象并生成图片，方便后续高斯计算？谢谢。

FANYI · 发表于 Post on 2019-5-27 21:50:47

老师，请教个问题：
初次使用Spartan想进行构象搜索，首先用高斯搭建完结构之后直接保存成.sdf 文件格式，其次试图用Spartan 打开该文件，可是报错“Keyword V2000 or V3000 expected on line 4”，我理解成是该.sdf 文件的第四行必须出现V2000 或 V3000，结果添加之后，依然打不开，请问是什么原因呢？恳请老师的指点，谢谢！

wxy · 发表于 Post on 2019-5-27 22:27:50

没想到李老师将自己归为新手还求助！

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2019-5-28 10:54:15

FANYI 发表于 2019-5-27 21:50
老师，请教个问题：
初次使用Spartan想进行构象搜索，首先用高斯搭建完结构之后直接保存成.sdf 文件格式， ...

用Chem3D过一水试试

FANYI · 发表于 Post on 2019-5-28 21:57:01

liyuanhe211 发表于 2019-5-28 10:54
用Chem3D过一水试试

好的，谢谢老师，我暂时还没有Chem3D,去找来试下。

happyknighthawk · 发表于 Post on 2019-5-28 22:33:36

kibZHF 发表于 2019-5-14 22:53
请问最后怎么导出这些构象并生成图片，方便后续高斯计算？谢谢。

你从哪里得知高斯能识别图片格式？
保存成sdf、mol2等格式都可以用来进行后续计算啊

FANYI · 发表于 Post on 2019-5-31 09:29:19

liyuanhe211 发表于 2019-5-28 10:54
用Chem3D过一水试试

老师好，我用了chem3D转化的sdf 文件，可以使用，谢谢您！

whust · 发表于 Post on 2019-11-28 18:47:32

请教一个问题，就拿上面讨论的降三萜中的内酯环中的羰基计算NMR的数据和实测值相差很大，有的文章中羰基碳的误差超过了7，请问有什么办法可以减小计算误差，谢谢！

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2019-11-28 20:33:49

whust 发表于 2019-11-28 18:47
请教一个问题，就拿上面讨论的降三萜中的内酯环中的羰基计算NMR的数据和实测值相差很大，有的文章中羰基碳 ...

仨方面，计算级别、构象（及构象比例）、溶剂效应。

whust · 发表于 Post on 2019-12-6 18:56:26

liyuanhe211 发表于 2019-11-28 20:33
仨方面，计算级别、构象（及构象比例）、溶剂效应。

好的，谢谢您！

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