关于使用Kirkwood-Buff Derived Force Field+OPC水模型的问题

FMGwenyanhoon

1. 从https://kbff.chem.k-state.edu/网站下载的Version 3的KBFF的主力场文件中，非键作用的默认规则不同于amber力场，并且ffnonbonded文件中也没有像amber力场一样定义虚原子。虽然KBFF力场的ffnonbonded文件和amber力场的所需参数种类完全相同（不同于gromos力场），但还是想请教一下能否直接把OPC.itp文件的那两行贴到KBFF的ffnonbonded文件中？
;Created by Tian Lu (sobereva@sina.com)
;To use this opc.itp, you must also add below lines into [ atomtypes ] of ffnonbonded.itp under AMBER forcefield
;OW_opc      8      15.9994  0.0000  A   0.316655  0.89036
;HW_opc      1       1.0080  0.0000  A   0.0       0.0


2. KBFF力场没有定义虚原子MW，能否直接把amber力场中的此行信息贴到KBFF的ffnonbonded文件中？还是说KBFF定义了，只不过名字不叫MW而叫HW？
; MW=Dummy mass for tip4p/EW/5p water extra point charge
MW           0       0.0000  0.0000  D   0.00000e+00  0.00000e+00


改完后如下：
[ atomtypes ]
;        name        at.num        mass        charge        ptype        sigma        eps                Ref
    OW_opc  8  15.9994  0.0000  A   0.316655  0.89036
    HW_opc  1   1.0080  0.0000  A   0.0       0.0
        MW  0   0.0000  0.0000  D   0.00000e+00  0.00000e+00
        H        1        0.000        0.000        A        0.1580        0.0880        ;        1
        HW        1   0.000        0.000        A        0.0000        0.0000        ;        8
        C2        6        0.000        0.000        A        0.3360        0.3300        ;        2


用这个KBFF+OPC模拟正确吗？谢谢！！

sobereva

应当先明确具体模拟什么体系，不同情况有不同最适合最省事的做法
如果涉及的原子类型不多，直接用[nonbond_params]手动定义每种原子类型之间的参数，就不用担心comb_rule不同带来的不兼容。

虚原子本来就不是力场中直接定义的。把我写的OPC里的MW_opc弄到KBFF里是可以的

FMGwenyanhoon

sobereva 发表于 2020-5-6 09:02
应当先明确具体模拟什么体系，不同情况有不同最适合最省事的做法
如果涉及的原子类型不多，直接用[nonbond ...

1. 根据您的回答，我理解不同立场的非键作用默认规则的那几项中，只有comb-rule这项需要考虑并且调整[nonbond_params]来保证结果合理正确或者兼容，而fudgeLJ和fudgeQQ是不同立场的特性，不用考虑调整，对吗？

2. 那比如我想用KBFF模拟NaCl溶液，其中水模型是OPC水模型，Na和Cl就已经在KBFF里面了。那我把ffnonbonded就只单纯的按照amber力场下跑OPC的方法设置一遍，就会有如下文件：[ atomtypes ]
；        name        at.num        mass        charge        ptype        sigma        eps                Ref
    OW_opc  8  15.9994  0.0000  A   0.316655  0.89036
    HW_opc  1   1.0080  0.0000  A   0.0       0.0
        MW  0   0.0000  0.0000  D   0.00000e+00  0.00000e+00
        H        1        0.000        0.000        A        0.1580        0.0880        ;        1
        HW        1   0.000        0.000        A        0.0000        0.0000        ;        8
        C2        6        0.000        0.000        A        0.3360        0.3300        ;        2
        OW        8        0.000        0.000        A        0.3166        0.6506        ;        8
        Li+        3        0.000        0.000        A        0.1820        0.7000        ;        12
        Na+        11        0.000        0.000        A        0.2450        0.3200        ;        3
        K+         19        0.000        0.000        A        0.3340        0.1300        ;        12
        Rb+        37        0.000        0.000        A        0.3620        0.1500        ;        12
        Cs+        55        0.000        0.000        A        0.4130        0.0650        ;        12

......
[ nonbond_params ]
;        i        j        func        sigma        eps
        OW        Li+        1        0.2400        0.2700                  ;       12
        OW        Na+        1        0.2785        0.3420                  ;       3
        OW        K+         1        0.3252        0.2327                  ;       12
        OW        Rb+        1        0.3385        0.2655                  ;       12
        OW        Cs+        1        0.3616        0.1954                  ;       12

此时就会按照comb-rule=3 + [ atomtypes ]下的LJ势参数 + OPC + KBFF来跑。其中OW_opc和Na+之间的V=(0.316655*0.2450)^0.5, W=(0.89036*0.3420)^0.5;
如果我写[ nonbond_params ]，也无非是这么写:
OW_opc  Na+ 1 $V $W(懒得按计算器了)。也就是说不管我是不写[ nonbond_params ]部分，还是手动算出来写在[ nonbond_params ]下面，都是一样的结果。
所以就想问问您。您说的comb-rule不兼容是啥意思，什么情况下会出现。

还有我看了一下，GROMOS力场和KB力场的ffnonbonded文件中都有[ nonbond_params ]部分，而amber力场的ffnonbonded文件中没有[ nonbond_params ]部分，这是为什么呢？
是否说明[ nonbond_params ]部分本来就可有可无呢？因为[ nonbond_params ]的计算结果其实根据comb-rule和各种原子的LJ势参数都能算，好像写不写都无所谓？还得听您解释一下，谢谢您！！

sobereva

对于[ nonbond_params ]已经定义了的原子间vdW参数，程序直接用这里面定义的；对于没有通过这个字段定义的原子间vdW参数，程序自动根据comb-rule定义的规则基于[atomtyes]里原子的vdW参数计算出原子间的vdW参数。

不同力场在定义vdW参数时的习俗、混合规则有异，把上面这点弄清楚了，自然就不会糊涂了。

FMGwenyanhoon

sobereva 发表于 2020-5-7 08:49
对于[ nonbond_params ]已经定义了的原子间vdW参数，程序直接用这里面定义的；对于没有通过这个字段定义的 ...

嗯嗯好的我明白了，谢谢您！！