柔性扫描能量曲线与irc能量曲线不匹配

Abner

  本人在进行过渡态搜索时，依据参考文献，想让图1中标蓝的C-N键断裂（其中原子1为C，原子2为N）；由于之前过渡态结构一直未找到，因此对该C-N键进行了柔性扫描。原C-N键长1.36394埃，从初始结构扫描20步，每步增加0.1埃，得到了图2的能量曲线，并且取能量极大值处的结构作为过渡态结构初猜。对该结构进行ts过渡态搜索后，得到了优化后的过渡态结构，然后进行了irc验证，发现能量曲线一侧是平的，如图3所示，与柔性扫描的能量曲线并不匹配，请问为什么会出现这种情况？我该如何解决？

附：柔性扫描输入文件：
%mem=10GB
%nprocshared=14
%chk=relax1.chk
#p b3lyp/6-31g(d) opt=modredundant nosymm

Title Card Required

0 1
C                  2.82420400    1.46941700    0.00014000
C                  2.69341400    0.08855700   -0.00008200
C                  1.50237700   -0.68834800   -0.00012200
C                  0.20492300   -0.03785200    0.00010000
C                  0.05226000    1.32775300    0.00037200
C                  0.40722800    2.55918100    0.00025400
C                  1.61615900   -2.10271600   -0.00036300
C                 -0.96526000   -0.90456200    0.00000900
C                 -0.81170600   -2.34620500   -0.00027600
C                  0.45020500   -2.90792900   -0.00044300
C                 -1.99635000   -3.16472400   -0.00033800
C                 -3.25338700   -2.64511700   -0.00015300
C                 -3.46635100   -1.22578000    0.00010200
C                 -2.27037100   -0.38796000    0.00017000
C                 -2.68046300    0.97048200    0.00043600
H                 -4.11979300   -3.30099600   -0.00020400
C                  4.00705300   -0.51878900   -0.00025800
C                  4.05907800   -1.94684000   -0.00046100
C                  2.91704900   -2.70027500   -0.00051700
H                  5.03024800   -2.43580700   -0.00059800
C                 -3.99842500    1.41852900    0.00054400
C                 -4.78623600   -0.71201700    0.00024300
H                 -5.58906500   -1.44573100    0.00020000
C                 -5.14180000    0.65985100    0.00044800
C                  3.83425500    2.20856400    0.00015700
C                  5.14062000    1.68428200   -0.00005300
H                  6.05175600    2.27655100   -0.00003100
C                  5.18104300    0.28943200   -0.00024000
H                  6.14534100   -0.21521200   -0.00038800
H                 -6.16057700    1.02266400    0.00051100
H                  2.98113600   -3.78543800   -0.00069300
H                  0.55595600   -3.98980200   -0.00063700
H                 -1.85921900   -4.24334700   -0.00054100
N                 -2.91786700    2.31360100    0.00033300
O                 -2.53358000    3.46455900    0.00033100
O                  0.56760000    3.73547900   -0.00007600

15 34 s 20 0.1

irc输入文件：
%mem=10GB
%nprocshared=6
%chk=ts18irc2.chk
#p irc=(maxpoints=200,calcfc,stepsize=10,lqa) rb3lyp/6-31g(d)
geom=connectivity

Title Card Required

0 1
C                 -2.79674000    1.49387100   -0.13037900
C                 -2.67685900    0.11421500   -0.01754200
C                 -1.49097700   -0.67418000    0.01364600
C                 -0.19313000   -0.04995700   -0.07173600
C                  0.03078000    1.30336900   -0.23430500
C                 -0.31513200    2.52883400   -0.39915500
C                 -1.61270600   -2.08980400    0.12630400
C                  0.95331800   -0.93053000   -0.00364600
C                  0.80671300   -2.36397100    0.04730800
C                 -0.46215700   -2.91425400    0.12704200
C                  2.00139000   -3.16191100   -0.02380800
C                  3.24669200   -2.61639900   -0.15078500
C                  3.43374100   -1.19445900   -0.17593600
C                  2.24126000   -0.39049300   -0.04209300
C                  2.55030900    1.00343700   -0.05701300
H                  4.12040300   -3.25836400   -0.22595700
C                 -3.99349100   -0.47913200    0.06889600
C                 -4.05494300   -1.90405700    0.18942400
C                 -2.92176400   -2.66742600    0.21457100
H                 -5.02966400   -2.38079900    0.25929700
C                  3.87260000    1.48243400   -0.12400900
C                  4.73650100   -0.63138500   -0.29859200
H                  5.56163500   -1.33393800   -0.39452700
C                  5.03796100    0.73863900   -0.24343400
C                 -3.81252400    2.22110100   -0.16537600
C                 -5.12232900    1.72286300   -0.08160600
H                 -6.02853100    2.32134500   -0.10202200
C                 -5.16421000    0.33153200    0.03510000
H                 -6.12964100   -0.16592200    0.10540200
H                  6.04444600    1.13536700   -0.26527400
H                 -2.99697800   -3.74837300    0.30177200
H                 -0.58346700   -3.99320700    0.17647200
H                  1.88907200   -4.24322500   -0.00185400
N                  2.89048300    2.22238200    0.49636300
O                  2.59593200    3.16446200    1.20455900
O                 -0.45174100    3.69509000   -0.57269800

1 2 1.5 25 2.0
2 3 1.5 17 1.5
3 4 1.5 7 1.5
4 5 2.0 8 1.5
5 6 2.0
6 36 2.0
7 10 1.5 19 1.5
8 9 1.5 14 1.5
9 10 2.0 11 1.5
10 32 1.0
11 12 2.0 33 1.0
12 13 1.5 16 1.0
13 14 1.5 22 1.5
14 15 1.5
15 21 1.5 34 1.5
16
17 18 1.5 28 1.5
18 19 2.0 20 1.0
19 31 1.0
20
21 24 1.5 34 1.5
22 23 1.0 24 1.5
23
24 30 1.0
25 26 1.5
26 27 1.0 28 1.5
27
28 29 1.0
29
30
31
32
33
34 35 2.0
35
36

冰释之川

柔性扫描和IRC曲线不一致，很正常啊……这两者不是一个东西。你要验证过渡态是否合理，以IRC为准。

Abner

冰释之川 发表于 2020-5-7 12:45
柔性扫描和IRC曲线不一致，很正常啊……这两者不是一个东西。你要验证过渡态是否合理，以IRC为准。

那是不是意味着我这个过渡态找的不准确？因为我看了文献里都是标蓝的C-N键断裂，又一直找不到过渡态，所以我才进行了柔性扫描，希望用柔性扫描得到的能量极大值结构作为过渡态初猜，但是同时搜索后irc验证能量曲线是单调的

冰释之川

Abner 发表于 2020-5-7 13:23
那是不是意味着我这个过渡态找的不准确？因为我看了文献里都是标蓝的C-N键断裂，又一直找不到过渡态，所 ...

看IRC两头是不是你想要的反应物/产物

Abner

冰释之川 发表于 2020-5-7 13:26
看IRC两头是不是你想要的反应物/产物

反应物对得上，产物也是我想要的，但是这个irc能量曲线是不是意味着没有过渡态

冰释之川

Abner 发表于 2020-5-7 13:32
反应物对得上，产物也是我想要的，但是这个irc能量曲线是不是意味着没有过渡态

有啊，只要你的过渡态只有一个虚频，且通过跑IRC验证了这个过渡态联通的你想要的反应物/产物，那么这个过渡态就是真实存在的，只不过你的过渡态结构与产物或反应物结构比较近而已

biogon

这个往右跑的IRC不是能量降低的吗？

Abner

冰释之川 发表于 2020-5-7 13:35
有啊，只要你的过渡态只有一个虚频，且通过跑IRC验证了这个过渡态联通的你想要的反应物/产物，那么这个过 ...

irc曲线不是应该是中间高，两侧低吗？

hebrewsnabla

Abner 发表于 2020-5-7 14:42
能量是升高的

你可以把图放大让人看看清楚，或者把各点数据提取出来

我看着并不是升高的。

biogon

Abner 发表于 2020-5-7 14:42
能量是升高的

这小图怎么一看就是降低的

Abner

hebrewsnabla 发表于 2020-5-7 14:54
你可以把图放大让人看看清楚，或者把各点数据提取出来

我看着并不是升高的。

好的，好的，我仔细去看一下，谢谢您

Abner

biogon 发表于 2020-5-7 15:59
这小图怎么一看就是降低的

谢谢您的解疑答惑，我对产物和反应物进行结构优化和能量计算后再对比一下

冰释之川

Abner 发表于 2020-5-7 14:39
irc曲线不是应该是中间高，两侧低吗？

你的过渡态在坐标0点位置

Abner

冰释之川 发表于 2020-5-7 19:15
你的过渡态在坐标0点位置

我把过渡态的坐标看错了