求助AIM和ELF拓扑分析作图问题

大慧慧 · 发表于 Post on 2020-5-15 22:52:44

本帖最后由大慧慧于 2020-5-15 22:54 编辑

老师想请问一下，3和4图片即（NNA和等值线图）是不是属于通过AIM拓扑分析作图得到的，然后1和2（等值面和填色图）属于通过ELF拓扑分析得到的？

sobereva · 发表于 Post on 2020-5-15 23:02:05

图1：用Multiwfn主功能4绘制ELF平面图，看手册4.4节的例子

图2：ELF等值面图，用Multiwfn主功能5可以直接计算格点数据并绘制成等值面图，也可以导出来用ChimeraX或VMD绘制
使用Multiwfn和ChimeraX绘制自定义着色的电子定域化函数(ELF)等值面图
https://www.bilibili.com/video/av85684420
在VMD里将cube文件瞬间绘制成效果极佳的等值面图的方法
http://sobereva.com/483（http://bbs.keinsci.com/thread-13329-1-1.html）

图3：是什么函数不好说，看原文的说明。上面的小圆点是临界点位置，用Multiwfn主功能2做拓扑分析得到。类似的带有拓扑信息的平面图的绘制看Multiwfn手册4.4.6节的例子

图4：电子密度拓扑分析图，做法此文说了
使用Multiwfn+VMD快速地绘制高质量AIM拓扑分析图（含视频演示）
http://sobereva.com/445（http://bbs.keinsci.com/thread-11079-1-1.html）

大慧慧 · 发表于 Post on 2020-5-16 08:53:34

sobereva 发表于 2020-5-15 23:02
图1：用Multiwfn主功能4绘制ELF平面图，看手册4.4节的例子

图2：ELF等值面图，用Multiwfn主功能5可以直 ...

谢谢老师，老师想问您一下，AIM拓扑分析是不是又可以叫做电子密度拓扑分析啊。

sobereva · 发表于 Post on 2020-5-17 03:39:59

大慧慧发表于 2020-5-16 08:53
谢谢老师，老师想问您一下，AIM拓扑分析是不是又可以叫做电子密度拓扑分析啊。

虽然很多地方这么说，但不是绝对的严格
AIM理论里也经常考察电子密度拉普拉斯函数，对这个函数的拓扑分析也可以算进AIM框架里，不过这种分析很少有人用

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