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[新手求助] 二面角扭转能扫描基组的选择问题?

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楼主
大家好,请问一下二面角扭转能的扫描选择MP2/6-311+(d,p)和MP2/6-311(d,p)哪个更合理?区别大吗?谢谢!

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发表于 Post on 2015-9-16 00:40:02 | 只看该作者 Only view this author
二面角扭转势能对于弥散函数很不敏感,加弥散函数没什么意义。
后HF方法需要较多极化函数方能充分表现电子相关使得结果较好,6-311G**这种层次的基组极化函数不够充分,适合DFT而不适合后HF计算。改用def2-TZVP或cc-pVTZ会使结果有改善,加弥散是白搭。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2015-9-22 10:37:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-9-16 00:40
二面角扭转势能对于弥散函数很不敏感,加弥散函数没什么意义。
后HF方法需要较多极化函数方能充分表现电子 ...

请问一下,加入我使用ORCA,MP2/cc-pvtz进行键长键角二面角扫描的话,怎样写关键词才能加速计算呢?之前尝试一下都提示错误的。就是利用RI加速。

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发表于 Post on 2015-9-22 17:19:37 | 只看该作者 Only view this author
方法就写RI-MP2就行
但是不建议用cc-pVTZ,因为ORCA里对密度拟合基组支持的最好的是def2系列
建议这么写RI-MP2 RIJK def2-TZVPP def2-TZVPP/JK def2-TZVPP/C tightSCF
更好的做法是用双杂化,
RI-PWPB95 RIJK def2-TZVPP def2-TZVPP/JK def2-TZVPP/C grid4 tightSCF
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发表于 Post on 2015-9-22 19:19:04 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 tjuchan 于 2015-9-22 19:20 编辑
sobereva 发表于 2015-9-22 17:19
方法就写RI-MP2就行
但是不建议用cc-pVTZ,因为ORCA里对密度拟合基组支持的最好的是def2系列
建议这么写R ...

老师您建议的是很高的精度了吧。今天看文献说采用B3LYP和MP2扫描得到的结果差不多,所以尝试了一下,但是曲线感觉不怎么对呢?请老师帮忙看一下,我在试试采用你建议的方法再次扫描一次。

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发表于 Post on 2015-9-22 19:31:49 | 只看该作者 Only view this author
tjuchan 发表于 2015-9-22 19:19
老师您建议的是很高的精度了吧。今天看文献说采用B3LYP和MP2扫描得到的结果差不多,所以尝试了一下,但是 ...


PWPB95和MP2计算量基本一样,前者精度更高。

你的情况,看上去势能面不连续,估计并没有使得每个点都收敛到了真正基态波函数,即存在波函数不稳定性。你可以对突变的区域里面取几个点用stable关键词检验下稳定性,若有不稳定,是因为pi键在旋转过程中途中被破坏导致的,形成类似双自由基的情况。

你也可以这么写关键词来扫描:UB3LYP/6-31G** guess(mix,always) opt=modredundant,这样有较大几率扫描过程始终都能得到稳定的波函数。
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发表于 Post on 2015-9-22 19:34:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-9-22 19:31
PWPB95和MP2计算量基本一样,前者精度更高。

你的情况,看上去势能面不连续,估计并没有使得每个点 ...

马上尝试,谢谢老师!

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发表于 Post on 2015-9-22 20:13:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-9-22 19:31
PWPB95和MP2计算量基本一样,前者精度更高。

你的情况,看上去势能面不连续,估计并没有使得每个点 ...

我将scan的结果放到gv中看,保存突变区域中的几个点采用关键词
stable b3lyp/6-31+g(d,p) geom=(modredundant,connectivity)
但是这几个点的运算结果都是稳定的!
The wavefunction is stable under the perturbations considered.
想问一下这个原因会是什么呢?

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发表于 Post on 2015-9-22 20:44:38 | 只看该作者 Only view this author
tjuchan 发表于 2015-9-22 20:13
我将scan的结果放到gv中看,保存突变区域中的几个点采用关键词
stable b3lyp/6-31+g(d,p) geom=(modredu ...

你还是按我写的用UB3LYP先试试吧
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发表于 Post on 2015-9-22 21:32:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-9-22 20:44
你还是按我写的用UB3LYP先试试吧

试完了,还是一样!可能这个曲线就是这样的吧。但是我给出来别人肯定不认可吧。

%ISBQ90{(OU})8V2ZY8`I~X.png (18.7 KB, 下载次数 Times of downloads: 67)

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发表于 Post on 2015-9-22 21:49:34 | 只看该作者 Only view this author
tjuchan 发表于 2015-9-22 21:32
试完了,还是一样!可能这个曲线就是这样的吧。但是我给出来别人肯定不认可吧。

把对应图中第12、13帧的结构提取出来给我
如果结构变化不太大,都收敛到基态波函数的话,能量不会差这么大。
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发表于 Post on 2015-9-22 22:17:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-9-22 21:49
把对应图中第12、13帧的结构提取出来给我
如果结构变化不太大,都收敛到基态波函数的话,能量不会差这么 ...

麻烦了。

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发表于 Post on 2015-9-22 23:14:23 | 只看该作者 Only view this author
从12和13帧的结构上看,结构相差还是很大的。确实也没有波函数不稳定性问题。
如果观看整个柔性扫描轨迹,能明显看到就是在那个不连续的区域周围结构变化较大,倒也正常。这有一定巧合因素,比如正好转到某个角度,就能让周围的基团优化到另一个势阱去,这会造成能量突变。
你也可以试试把乙基换成甲基或者氢然后扫扫,就能知道是旋转过程计算问题,还是确实就是周围基团导致的突变。
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发表于 Post on 2016-2-17 07:20:23 | 只看该作者 Only view this author
楼主您好,我在扫描的过程中也遇到了同样的问题,请问你是怎么解决的呢?

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发表于 Post on 2016-2-17 07:27:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-9-22 23:14
从12和13帧的结构上看,结构相差还是很大的。确实也没有波函数不稳定性问题。
如果观看整个柔性扫描轨迹, ...

sob老师,我在柔性扫描二面角的过程中遇到了和楼主一样的问题,在某个角度结构和能量均出现了跳变,请问这样的结果是可信的吗,如果不可信需要怎样进一步改进呢?另外,如果采用手动改变分子中相应的二面角,再进行若干个固定二面角的优化,这样得到的结构和能量倒是没有跳变,请问这种方法可取吗?谢谢您

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