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[GROMACS] 求帮忙分析一下rerun得到的相互作用能

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老师,我用rerun的方法求出来静电和范德华作用能,我把1-2和1-4平均值都加起来了,请老师帮忙分析一下。

静电作用是静电+交换互斥,范德华作用是色散+交换互斥,所以正值是是因为静电作用中没有静电能只有交换互斥能是吗?

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发表于 Post on 2020-5-20 22:20:38 | 只看该作者 Only view this author
1-2是什么?如果是隔一个键,这属于成键项,和静电、范德华作用无关。讨论分子间相互作用也不应当把分子内作用对应的1-4纳入讨论
“静电作用是静电+交换互斥”这个描述明显是错误的。交换互斥体现在范德华项里
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-21 10:55:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-5-20 22:20
1-2是什么?如果是隔一个键,这属于成键项,和静电、范德华作用无关。讨论分子间相互作用也不应当把分子内 ...

好的谢谢老师,请问老师这个正值应该怎么解释呢?

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发表于 Post on 2020-5-23 02:43:51 | 只看该作者 Only view this author
明园 发表于 2020-5-21 10:55
好的谢谢老师,请问老师这个正值应该怎么解释呢?

bond项肯定是正值,因为是以势能曲线谷底作为零点定义的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-25 12:47:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-5-23 02:43
bond项肯定是正值,因为是以势能曲线谷底作为零点定义的

好的谢谢老师

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