请问meta-eABF的计算速度波动很大是正常现象吗

minishotgun · 发表于 Post on 2020-5-20 17:39:43

本帖最后由 minishotgun 于 2020-5-20 17:53 编辑

各位老师好，我正在用超算跑meta-eABF任务，但是发现计算速度很不稳定。超算上namd的版本是NAMD 2.13b1 for Linux-x86_64-MPI。

我的体系里有7.8万个原子，所选CV是两个distance Z。

我在超算上提交了一个100ns的任务，昨天看任务剩余时间是70多小时，今天再看剩余时间变成200多小时了。我看了任务的日志文件，发现他的计算剩余时间一会是几十小时，一会是几百小时，非常不稳定。而且从已经计算的步数上来看，他今天的计算速度比昨天的慢了很多。

请问有什么办法可以让meta-eABF的计算速度变得稳定吗？

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-5-20 22:26:35

本帖最后由 fhh2626 于 2020-5-20 22:28 编辑

加上这个

colvar {
name distZ
  ...
expandboundaries on
subtractappliedforce  on

distanceZ {
   ...
}
}
这个是colvars的作者实现MtD的时候的一个问题（或者说MtD方法本身就有的一个问题），加上这个选项，MtD施加的高斯峰超出边界以后，算法会自动拓宽边界，如果不加的话算法会以某种方式把之前施加的偏置势重新计算一遍（导致速度变慢）

minishotgun · 发表于 Post on 2020-5-20 23:18:39

fhh2626 发表于 2020-5-20 22:26
加上这个

colvar {

谢谢老师，我加上expandboundaries on这个参数试试。我之前跑meta-eABF任务的时候都没有加这个参数

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-5-21 08:43:37

minishotgun 发表于 2020-5-20 23:18
谢谢老师，我加上expandboundaries on这个参数试试。我之前跑meta-eABF任务的时候都没有加这个参数

我也是好久才发现这个问题的。。。

minishotgun · 发表于 Post on 2020-5-23 09:18:19

fhh2626 发表于 2020-5-21 08:43
我也是好久才发现这个问题的。。。

加上expandboundaries on这个参数后计算速度稳定了而且还快了好多，太感谢您啦

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[NAMD] 请问meta-eABF的计算速度波动很大是正常现象吗

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