计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 7089|回复 Reply: 10
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Multiwfn使用咨询] 求助CP2K优化好的结构导入Multiwfn来计算弱相互作用

[复制链接 Copy URL]

13

帖子

0

威望

45

eV
积分
58

Level 2 能力者

各位老师好,我是一名Multiwfn的新手,最近在使用Multiwfn的时候遇到了一些问题。想来请教一下各位老师。
我使用CP2K优化好的结构(xyz)导入Multiwfn来计算弱相互作用,在绘制散点图时发现并无任何散点图像显示。我看到sob老师的教程里是用的wfn文件,但是由于软件的原因,想请问下xyz格式文件是否可以生成同样的散点图?
任何帮助都万分感谢!!!

~}H5NSXQL{3%Z0X~}9D}D`H.png (29.59 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

~}H5NSXQL{3%Z0X~}9D}D`H.png

13

帖子

0

威望

45

eV
积分
58

Level 2 能力者

2#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-26 22:39:51 | 只看该作者 Only view this author
各位老师补充下, 我查看了output,后两列都是0。这导致了画不出来图。请问老师们有什么好办法吗

1187

帖子

5

威望

2859

eV
积分
4146

Level 6 (一方通行)

3#
发表于 Post on 2020-5-26 23:01:24 | 只看该作者 Only view this author
看卢老师的
《详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换》
http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html
通常xyz格式不含有波函数,只有坐标,不能基于分子波函数做波函数分析,只能基于准分子密度等做弱相互作用分析,比如基于准分子密度的NCI分析,这和基于波函数的有区别。
看卢老师的
《使用Multiwfn图形化研究弱相互作用》
http://sobereva.com/68
《Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览》
http://sobereva.com/252

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120201

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2020-5-27 04:43:07 | 只看该作者 Only view this author
都已经选了[Multiwfn使用咨询]分类了,就不要再在标题上手动写一遍[Multiwfn使用咨询]。给你去掉了。

不同分析功能需要的信息不同,仔细看
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html
Multiwfn FAQ
http://sobereva.com/452

另外,图楼上里提到的我的博文所示,Multiwfn支持的弱相互作用分析功能一大把,提问时应当说清楚用的是什么分析功能。
诸如IGM(http://sobereva.com/407)、promolecular近似下的RDG分析、Hirshfeld surface方式的弱相互作用分析(http://sobereva.com/701)都可以基于xyz文件来做。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

13

帖子

0

威望

45

eV
积分
58

Level 2 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-27 10:52:55 | 只看该作者 Only view this author
好的,万分感谢各位老师!!!

729

帖子

21

威望

5233

eV
积分
6382

Level 6 (一方通行)

6#
发表于 Post on 2020-5-27 18:00:00 | 只看该作者 Only view this author
曾经有人用CP2K输出molden文件,然后用Multiwfn做分析

13

帖子

0

威望

45

eV
积分
58

Level 2 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-27 22:13:44 | 只看该作者 Only view this author
beefly 发表于 2020-5-27 18:00
曾经有人用CP2K输出molden文件,然后用Multiwfn做分析

哦哦,我看到那篇帖子啦,感谢

13

帖子

0

威望

45

eV
积分
58

Level 2 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-27 22:15:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-5-27 04:43
都已经选了[Multiwfn使用咨询]分类了,就不要再在标题上手动写一遍[Multiwfn使用咨询]。给你去掉了。

不 ...

老师,还有一个问题,我用cp2k生成了wfn文件,但是导入multiwfn,回车之后就闪退了,很多遍都是这样。请问这是不是说明无法识别cp2k导出的wfn文件呢

729

帖子

21

威望

5233

eV
积分
6382

Level 6 (一方通行)

9#
发表于 Post on 2020-5-28 13:09:44 | 只看该作者 Only view this author
sunshixx 发表于 2020-5-27 22:15
老师,还有一个问题,我用cp2k生成了wfn文件,但是导入multiwfn,回车之后就闪退了,很多遍都是这样。请 ...

cp2k存的一些数据有问题。曾经遇到过原子数,占据轨道数,或者基函数个数不一致

13

帖子

0

威望

45

eV
积分
58

Level 2 能力者

10#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-28 19:16:32 | 只看该作者 Only view this author
beefly 发表于 2020-5-28 13:09
cp2k存的一些数据有问题。曾经遇到过原子数,占据轨道数,或者基函数个数不一致

哦哦,我明白了。万分感谢!!

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120201

管理员

公社社长

11#
发表于 Post on 2020-5-29 07:39:20 | 只看该作者 Only view this author
sunshixx 发表于 2020-5-27 22:15
老师,还有一个问题,我用cp2k生成了wfn文件,但是导入multiwfn,回车之后就闪退了,很多遍都是这样。请 ...

Multiwfn载入不了的wfn文件肯定是wfn文件不符合规范,可以参考此文检查文件哪里有问题
利用wfn文件计算电子密度的代码的编写方法
http://sobereva.com/182

目前Multiwfn还没有明确考虑对CP2K的兼容性,以后可能会考虑
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-18 04:09 , Processed in 0.237803 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list