dmol3中ts opt如何分析

youtuBo

我用dmol3搜索过渡态后，由于收敛精度为medium，因此想用ts opt进行过渡态精修，但是我认为一开始ts search得到的过渡态比较不错，对比ts opt后得到的xsd文件，opt的构型并不是中间过渡态该存在的构型，想问一下这是怎么回事？
还有，因为是第一次使用过渡态搜索，所以ts opt精修过渡态的意思是可以获得一个更为准确的过渡态构型和能量吗，那么这些是在哪里看呢？

卡开发发

ts search后得到的结构不一定是过渡态，还得看频率验证的情况，一般来说只能作为一个过渡态的初始猜测。
ts opt是对过渡态进行精修，如果你能直接猜到过渡态的结构实际直接算频率做做ts opt也无妨，但通常表面上的过渡态会比较难猜。一般初猜落在接近于过渡态的二次区域ts opt会比较容易找到，但反之可能就比较困难。

youtuBo

卡开发发 发表于 2020-5-28 14:50
ts search后得到的结构不一定是过渡态，还得看频率验证的情况，一般来说只能作为一个过渡态的初始猜测。
t ...

这个ts opt对结果精修的意思是，过渡态构型更准确，能垒等也更精确吗，我想知道怎么看能垒是否有改变呢？还是说对ts search得到的能垒没有影响啊？
第一次接触希望大神指点

浪啊我是

youtuBo 发表于 2020-5-28 15:27
这个ts opt对结果精修的意思是，过渡态构型更准确，能垒等也更精确吗，我想知道怎么看能垒是否有改变呢？ ...

TS OPT能够更好的优化过渡态的结构，自然能量更加准确。用TS OPT的结果的能量减去反应物的能量就是能垒了，这个能量差和TS search的outmol里面的barrier energy比较就知道能垒有没有变化了。一般是以TS opt算出来的能垒为准

卡开发发

youtuBo 发表于 2020-5-28 15:27
这个ts opt对结果精修的意思是，过渡态构型更准确，能垒等也更精确吗，我想知道怎么看能垒是否有改变呢？ ...

ts opt得到的过渡态能量手动去减去反应物结构的能量，也能得到能垒，一般这个能垒和ts search的结果可能不同。ts search的比较粗糙，你可以理解为你不知道这个过渡态大概长啥样的时候给你提供一种猜测过渡态的方式，然后再拿这个结构去做ts opt，如果你一开始猜得到过渡态大致的样子，直接算频率做ts opt就行，search的过程当然就没必要了。

youtuBo

卡开发发 发表于 2020-5-28 16:03
ts opt得到的过渡态能量手动去减去反应物结构的能量，也能得到能垒，一般这个能垒和ts search的结果可能 ...

那就是直接在构型优化的过程中就勾选频率之后，直接做ts opt就可以了吗？
还有一个就是ts opt的过渡态能量反应在outmol上具体是在哪里啊，我看了一下结果，不知道具体是看哪里？

youtuBo

浪啊我是 发表于 2020-5-28 15:34
TS OPT能够更好的优化过渡态的结构，自然能量更加准确。用TS OPT的结果的能量减去反应物的能量就是能垒了 ...

那请问我有的时候进行ts opt计算时，算很久都无法收敛这是为什么呀？有哪些参数可以调整帮助ts opt进行收敛呢？

卡开发发

youtuBo 发表于 2020-5-28 16:32
那请问我有的时候进行ts opt计算时，算很久都无法收敛这是为什么呀？有哪些参数可以调整帮助ts opt进行收 ...

有可能TS search的时候你指定的反应物、产物不合理，初猜的路径不合适，等等，导致TS search给出来的结构就不好。上面已经提到，TS opt在接近过渡态结构的话修的会比较好，随便给个结构当然比较困难，当然，DMol3的TS opt本身也没那么好。

youtuBo

卡开发发 发表于 2020-5-28 17:00
有可能TS search的时候你指定的反应物、产物不合理，初猜的路径不合适，等等，导致TS search给出来的结构 ...

你好，那ts confirmation计算的中间体的话会对结果有影响吗？中间体的存在与否对反应进行的难易程度是否有影响啊？

卡开发发

youtuBo 发表于 2020-5-29 10:11
你好，那ts confirmation计算的中间体的话会对结果有影响吗？中间体的存在与否对反应进行的难易程度是否 ...

TS confirm如果能做出来有中间体意味着你的反应不是基元反应，也是按照前面说的分别在中间体和原有的反应物产物各自构建路径再搜过渡态。

youtuBo

卡开发发 发表于 2020-5-29 11:34
TS confirm如果能做出来有中间体意味着你的反应不是基元反应，也是按照前面说的分别在中间体和原有的反应 ...

哦哦，好的，谢谢大神回复

youtuBo

卡开发发 发表于 2020-5-28 14:50
ts search后得到的结构不一定是过渡态，还得看频率验证的情况，一般来说只能作为一个过渡态的初始猜测。
t ...

ts search后发现有多个虚频，然后我对结果进行ts conf计算，发现虚频完全消失了，这是怎么回事啊？那如果还剩唯一的虚频，是不是可以说明这是过渡态结构呢？

卡开发发

youtuBo 发表于 2020-6-1 21:27
ts search后发现有多个虚频，然后我对结果进行ts conf计算，发现虚频完全消失了，这是怎么回事啊？那如果 ...

ts conf你可能是找到某个中间体了吧？ts conf是用来确定路径的，ts opt才是用来处理消除多余虚频这种问题的。

youtuBo

卡开发发 发表于 2020-6-1 23:03
ts conf你可能是找到某个中间体了吧？ts conf是用来确定路径的，ts opt才是用来处理消除多余虚频这种问题 ...

我是这样想的，ts conf是找中间体，但是应该虚频还是存在着的，所以用后面的ts opt来消除虚频。如果ts search的时候虚频还有4个，但是ts conf后就没有了：1、那是应该将中间体提取出来吗？2、还有这个怎么提取啊，我现在只知道对应path找最低点，再从xtd帧数中拖取。除了这个还有别的方法吗？3、如果不做ts conf直接做ts opt这样可以吗？要如何看虚频对应的过渡态是长什么样子的呢？

卡开发发

youtuBo 发表于 2020-6-2 09:14
我是这样想的，ts conf是找中间体，但是应该虚频还是存在着的，所以用后面的ts opt来消除虚频。如果ts se ...

ts conf之后好像是能直接给出中间体的吧？如果实在不行就把中间比较低的对应帧提取出来再优化优化。ts conf和ts opt算法针对的问题不同：ts opt主要是用来精修过渡态的；ts conf则是确定过渡态是否对应反应物产物，当中是否还有其他中间体。
另外一个问题在这回复，频率计算的话在properties勾选frequency（周期边界体系要保证足够大的格子），ts opt过程中不见得需要全频率，这样可以稍微节约一些时间。最好在tools->vib analysis里面查看振动模式。