DFT-D3程序如何自定义色散校正参数

吴磊 · 发表于 Post on 2020-5-30 08:32:08

想试试DSD双杂化泛函，其色散校正的参数能在文献J. Comput. Chem., 34, 2327 (2013)的支持信息中找到，但试了好多办法都没能在超算中心里面设置Gaussian（Linux系统）的环境变量。下载的DFT-D3程序也没有内置DSD方法的色散校正参数，DFT-D3的手册1.5节提到了可以自定义参数，尝试了好久都没成功，主要困惑：（1）建立的参数文档如何命名？目前是直接在dftd3.exe程序的相同文件夹下建立了一个叫“.dftd3par.local”的文件。（2）文档中如何输入参数如何输入？目前是直接录入一行数字。（3）对于自定义的色散校正参数，如何在cmd命令中输入以计算色散校正能量？下面是手册1.5节的截图。

snljty · 发表于 Post on 2020-5-30 08:37:56

看你指的具体是哪个泛函，比如DSD-PBEP86-D3(BJ)在Gaussian16中直接支持，Gaussian09中用法看这个贴的2.2节
《Gaussian中非内置的理论方法和泛函的用法》
http://bbs.keinsci.com/thread-3997-1-1.html

吴磊 · 发表于 Post on 2020-5-30 08:43:51

snljty 发表于 2020-5-30 08:37
看你指的具体是哪个泛函，比如DSD-PBEP86-D3(BJ)在Gaussian16中直接支持，Gaussian09中用法看这个贴的2.2节 ...

谢谢，因为做benchmark所以想多试试，非内置方法的其他地方都看懂了，就是这个色散校正的到现在还没解决。

hebrewsnabla · 发表于 Post on 2020-5-30 12:19:48

吴磊发表于 2020-5-30 08:43
谢谢，因为做benchmark所以想多试试，非内置方法的其他地方都看懂了，就是这个色散校正的到现在还没解决 ...

色散校正环境变量设置有什么问题要说出来，你说个“没能设置”“还没解决”等于没说

吴磊 · 发表于 Post on 2020-5-30 13:11:28

hebrewsnabla 发表于 2020-5-30 12:19
色散校正环境变量设置有什么问题要说出来，你说个“没能设置”“还没解决”等于没说

您好，我自己电脑上安装的是windows版的Gaussian09，看到sob老师博文http://sobereva.com/210里说linux系统在工作台中输入export GAUSS_DFTD3_S6=1000000
export GAUSS_DFTD3_S8=786200
export GAUSS_DFTD3_ABJ1=2097100
export GAUSS_DFTD3_ABJ2=7592300
不知道Windows系统下怎么设置。另外，我用的超算中心是上海的HPCPLUS,是Linux系统下的Gaussian16，用".lsf"文件提交作业，在".lsf"文件中输入上述的环境变量设置没起作用。

hebrewsnabla · 发表于 Post on 2020-5-30 13:30:06

本帖最后由 hebrewsnabla 于 2020-5-30 13:34 编辑

吴磊发表于 2020-5-30 13:11
您好，我自己电脑上安装的是windows版的Gaussian09，看到sob老师博文http://sobereva.com/210里说linux系 ...

如果是DSD-PBEP86的话，G16不用设置，直接用。

sobereva · 发表于 Post on 2020-5-30 14:06:12

吴磊发表于 2020-5-30 13:11
您好，我自己电脑上安装的是windows版的Gaussian09，看到sob老师博文http://sobereva.com/210里说linux系 ...

Windows同样可以设置环境变量，在cmd下用set命令，诸如set x=3

吴磊 · 发表于 Post on 2020-5-30 14:50:52

sobereva 发表于 2020-5-30 14:06
Windows同样可以设置环境变量，在cmd下用set命令，诸如set x=3

感谢sob老师的回复，但我直接在cmd命令中输入如下信息没能解决“Unable to choose the S8 parameter”的问题，是我理解不对还是缺少了啥操作。（这是TPSSh的D3BJ参数）
set GAUSS_DFTD3_S6=1000000
set GAUSS_DFTD3_S8=2238200
set GAUSS_DFTD3_ABJ1=452900
set GAUSS_DFTD3_ABJ2=4655000

sobereva · 发表于 Post on 2020-5-30 15:04:18

吴磊发表于 2020-5-30 14:50
感谢sob老师的回复，但我直接在cmd命令中输入如下信息没能解决“Unable to choose the S8 parameter”的 ...

我不知道你怎么运行的。以这种方式设置必须得通过命令行方式运行Gaussian（但也未必能生效），要么在“系统”里定义环境变量。

吴磊 · 发表于 Post on 2020-5-30 16:08:43

sobereva 发表于 2020-5-30 15:04
我不知道你怎么运行的。以这种方式设置必须得通过命令行方式运行Gaussian（但也未必能生效），要么在“系 ...

太感谢sob老师了，设定了系统的环境变量，能正常运行了。（用命令方式运行Gaussian确实没生效）

Daniel_Arndt · 发表于 Post on 2020-5-31 01:12:25

你可能需要查看这个网址上的“Update 3”部分： https://superuser.com/questions/ ... h-bsub-platform-lsf 。

我记得LSF可以在bsub里面添上“sh job.sh”的。我几年前弄过一次。就是，你把所需要设置的环境变量和“g09 input.com”写到一个job.sh（我随便写的一个文件名，当然你得按照bash的语法来，文件的第一行得是“#!/bin/bash”）里面，然后把你通常用的bsub命令里面“g09 input.com”这一部分换成“sh job.sh”，然后就可以运行了。

吴磊 · 发表于 Post on 2020-5-31 08:10:18

Daniel_Arndt 发表于 2020-5-31 01:12
你可能需要查看这个网址上的“Update 3”部分： https://superuser.com/questions/1192723/feed-environmen ...

感谢分享，有些不一样，我理解理解好啦

jennine · 发表于 Post on 2020-12-31 13:53:20

你好环境变量怎么设置啊

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-2 20:10:32

jennine 发表于 2020-12-31 13:53
你好环境变量怎么设置啊

Linux基本常识问题，随便一google便知，就是把我博文里的export开头的命令敲进终端

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[辅助/分析程序] DFT-D3程序如何自定义色散校正参数

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