求教同样的资金买两台E5-2696 v3的机器好还是买一台8173M的机器好呢？

mgqqlwq · 发表于 Post on 2020-6-2 18:18:15

sobereva 发表于 2020-6-2 08:28
既然现在用lammps较多，GPU加速应当重点考虑，此时CPU的性能没那么关键，何况VASP和QE也支持GPU加速。

谢谢卢老师！请问GPU卡的话推荐什么型号，价格大概多少呢？GPU我了解的特别有限。
我之前有稍微了解过，好像LAMMPS需要双精度的卡，具体细节就不是很懂了。
请问算VASP的话也是买GPU的机器性价比高吗？

mgqqlwq · 发表于 Post on 2020-6-2 18:20:50

biogon 发表于 2020-6-2 18:09
交换机肯定是有必要的，但是跨节点并行没啥必要

那是不是买千兆的交换机就可以了，然后不去跨节点计算？
速度快的交换机也不行吗？是因为性价比不高？

zyn792102916 · 发表于 Post on 2020-6-2 18:21:40

mgqqlwq 发表于 2020-6-2 18:13
谢谢您的回复！8173M快80%指的是用28个核对比v4的18个核对吧？
如果考虑到两台v3的机器还需要交换机可能 ...

是的，都是满核心运行下的对比；我个人感觉8173M更合适一些；avx512我们组没用过，那个是Intel的指令集，某些运算下会有加成。

niobium · 发表于 Post on 2020-6-2 20:25:37

mgqqlwq 发表于 2020-6-2 18:01
您的意思是推荐买单台吗？我想的是多台可以多算几个任务，而且买机器比买超算实惠

就是买多台服务器就行，没必要搞共享存储，又要担心网络。每台机器配个1T的固态用来写临时文件，非常舒服

abin · 发表于 Post on 2020-6-2 20:37:31

本帖最后由 abin 于 2020-6-2 20:41 编辑

niobium 发表于 2020-6-2 20:25
就是买多台服务器就行，没必要搞共享存储，又要担心网络。每台机器配个1T的固态用来写临时文件，非常舒服

来来，
我稍微解答一下。

如果不涉及多个节点并行，可以采用所谓分布式存储阿。
就是每个计算，都在所分派的那台机器上进行读写，算完了，再拷贝回来。
这种场景中，千兆网都妥妥的满足需求。

这个时候，集群的千兆网，
仅仅负责，集群调度，具体就是特定时间查询一下各个机器的状态，你可以简单理解为ping一下每个机器；
如果有计算要加载，就查询一下状态，并把输入文件scp到干活的机器上，然后交给干苦力的机器执行。

如果部署为集群之后，
所有的App，用户ID等，部署一套，所有的机器都可以用了。
用户无需多个机器之间来回倒弄数据，十分便捷的。
这种应用场景，板载的千兆网非常够用。
200元左右的千兆交换机也十分够用。

如果集群的规模比较小，而且采用的分布式计算读写方案，
用户20人一下，平均5s内加载的计算量少于20个，
那么任何一个计算节点负载一下这个“集群调度”都是十分稳妥的。
集群调度的压力，可能比你打开浏览器看百度新闻的压力都低。
如果同时在线的用户数载100人左右，
同时登陆节点还负载比如10个节点左右的频繁读写负载，
可能需要独立管理节点。

简单说，10节点一下，
平均同时在线用户小于10人；
平均I/O负载低于10%；
平均5s内加载的计算量小于20个，
这种情形，任何一个苦力节点分担一下都可以。

或者，弄任何一个E3处理器的，3000元不到的PC主机，都能搞定的事情。

abin · 发表于 Post on 2020-6-2 20:44:58

mgqqlwq 发表于 2020-6-2 18:00
谢谢您的回复！千兆网就可以跨节点计算了吗？之前听别人讲的10G的跨节点好像都做不了，您能多说说吗？千 ...

并行效率，
首先取决于程序算法。

多节点并行，网络是读写的瓶颈。

10Gb的带宽，理论最高读写，能做大960MB/s左右。
如果你的机器读写性能达不到800MB/s以上的水准，
那么10Gb的网络，不回对你的计算造成负面影响。

如果买廉价的TP Link方案，
8口， 8台机器，可能需要4000左右吧，
我按照京东的零件价格估算的。

abin · 发表于 Post on 2020-6-3 09:12:27

同样的钱，买一台了。
省电，省地方啊。

CrysLantZ · 发表于 Post on 2020-6-3 11:27:59

假如性价比相当的话，我倾向于买8173m，因为它晚推出2年，新一些

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-3 21:25:11

mgqqlwq 发表于 2020-6-2 18:18
谢谢卢老师！请问GPU卡的话推荐什么型号，价格大概多少呢？GPU我了解的特别有限。
我之前有稍微了解过， ...

lammps的GPU加速相关讨论看https://sourceforge.net/p/lammps/mailman/message/36858507/。我自己不怎么用lammps

bobosiji · 发表于 Post on 2020-6-4 10:42:33

本帖最后由 bobosiji 于 2020-6-4 10:43 编辑

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mgqqlwq · 发表于 Post on 2020-6-4 17:45:52

zyn792102916 发表于 2020-6-2 18:21
是的，都是满核心运行下的对比；我个人感觉8173M更合适一些；avx512我们组没用过，那个是Intel的指令集， ...

了解了，谢谢！登录论坛有点问题，抱歉回复晚了
请问下我这边试的一台机器上56个核心和36个核心速度并不是线性增加的，这种是正常的吗？大概只有1.3-1.4倍的速度，两个cpu似乎效率有损失

mgqqlwq · 发表于 Post on 2020-6-4 17:48:39

niobium 发表于 2020-6-2 20:25
就是买多台服务器就行，没必要搞共享存储，又要担心网络。每台机器配个1T的固态用来写临时文件，非常舒服

多台服务器组成小集群的话，网络用一个就可以了，数据也是在一起，好像更方便一些。
多台机器单独使用我没有经验，配置起来应该要容易一些，使用起来怎么样呢？

mgqqlwq · 发表于 Post on 2020-6-4 17:50:37

abin 发表于 2020-6-2 20:37
来来，
我稍微解答一下。

谢谢您的分享！也就是说只是几台机器的话，就不需要单独购买管理节点了，对吧？

mgqqlwq · 发表于 Post on 2020-6-4 17:54:50

abin 发表于 2020-6-2 20:44
并行效率，
首先取决于程序算法。

之前问过一些厂家的，因为说延迟的问题，跨节点的话推荐至少56g的。
我自己这边用lammps的时候，千兆网络跨节点算程序会报错，56g的网络可以正常算，但并行效率感觉很一般，不过我并不清楚原因。

mgqqlwq · 发表于 Post on 2020-6-4 17:55:47

abin 发表于 2020-6-3 09:12
同样的钱，买一台了。
省电，省地方啊。

嗯嗯，如果计算能力差不多的话，感觉还是一台更好些

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