计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 10501|回复 Reply: 7
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Amber] AMBER 多个副本做RMSD图的问题

[复制链接 Copy URL]

112

帖子

0

威望

383

eV
积分
495

Level 3 能力者

我有多个副本,想做到一张RMSD图上,参考结构选取某个副本的最后20ns结构的平均值。现在有几个问题
1.用xmgrace作图是不是可以写文章直接用。
2.怎么以某个副本的最后20ns结构的平均值为参考,Cα原子对齐,计算rmsd?

1171

帖子

7

威望

6858

eV
积分
8169

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2020-6-5 16:05:19 | 只看该作者 Only view this author
1.可以
2.VMD有个RMSD插件可以做Align

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125140

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2020-6-10 12:54:01 | 只看该作者 Only view this author
在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的差异以及叠合两个结构
http://sobereva.com/290http://bbs.keinsci.com/thread-1080-1-1.html

注意一段轨迹里的平均结构是毫无意义的,结构会严重扭曲
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

112

帖子

0

威望

383

eV
积分
495

Level 3 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-10 20:37:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-10 12:54
在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的差异以及叠合两个结构
http://sobereva.com/290(http://bbs.keinsci.com ...

那应该怎么选这段结构做参考?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125140

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2020-6-11 23:56:22 | 只看该作者 Only view this author
hyr95 发表于 2020-6-10 20:37
那应该怎么选这段结构做参考?

计算最有代表性的结构。比如计算所有帧之间的RMSD,找与其它帧的RMSD整体都最小的那一帧(GROMACS的gmx cluster做归簇也是这么取的有代表性的结构)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

112

帖子

0

威望

383

eV
积分
495

Level 3 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-12 12:52:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-11 23:56
计算最有代表性的结构。比如计算所有帧之间的RMSD,找与其它帧的RMSD整体都最小的那一帧(GROMACS的gmx c ...

我想做三个体系的rmsd对比图(放到一个图里),参考结构选取这三个体系中最稳定的结构中与其他帧的RMSD整体都最小的那一帧作参考结构可以吗?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125140

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2020-6-13 01:29:39 | 只看该作者 Only view this author
hyr95 发表于 2020-6-12 12:52
我想做三个体系的rmsd对比图(放到一个图里),参考结构选取这三个体系中最稳定的结构中与其他帧的RMSD整 ...

看不懂你的问题
RMSD是对结构之间而言的,“三个体系的rmsd对比图”完全搞不懂是什么意思、谁和谁比。“最稳定的结构”的判据也不明
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

112

帖子

0

威望

383

eV
积分
495

Level 3 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-22 13:00:57 | 只看该作者 Only view this author
三个体系对比,参考结构是第三个体系最后20ns的平均结构。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-20 18:08 , Processed in 0.232068 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list