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[GROMACS] 如何在GMX里使用极化水分子?比如SWM4-DNP

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Google了下,看得不是太懂,是不是要先下载Drude force field,安装到gmx里,才能添加这个极化水分子模型呢?

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发表于 Post on 2020-6-6 18:41:30 | 只看该作者 Only view this author
那不叫极化水分子,而叫可极化水模型。诸如SPC等不可极化水模型本身就已经一定程度上等效体现了实际水环境中的被极化效应(因此其偶极矩大于水的气相实验偶极矩)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-7 17:20:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-6 18:41
那不叫极化水分子,而叫可极化水模型。诸如SPC等不可极化水模型本身就已经一定程度上等效体现了实际水环境 ...

那老师的意思说,计算极化后的性质时,可极化的水分子模型不见得就比SPCE这些模型效果好吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-7 17:22:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-6 18:41
那不叫极化水分子,而叫可极化水模型。诸如SPC等不可极化水模型本身就已经一定程度上等效体现了实际水环境 ...

主要想知道计算水的极化后的性质,不知道哪种模型效果比较好,想试试这种可极化的水模型

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发表于 Post on 2020-6-8 19:08:06 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2020-6-9 07:55:41 | 只看该作者 Only view this author
Riddermark 发表于 2020-6-7 17:22
主要想知道计算水的极化后的性质,不知道哪种模型效果比较好,想试试这种可极化的水模型

想用Drude model你得换成NAMD或者OpenMM。

SWM4对hydration free energy的预测是-5.9 kcal/mol,基本和实验吻合,而SPC系列一般都是~ -7 kcal/mol,明显高估。不过模拟bulk water不用在意这个,一般都是界面体系才关心这种事。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-12 11:08:18 | 只看该作者 Only view this author
k64_cc 发表于 2020-6-9 07:55
想用Drude model你得换成NAMD或者OpenMM。

SWM4对hydration free energy的预测是-5.9 kcal/mol,基本 ...

请问大佬,不能在gmx里用swm4吗?那能用tip4p-FQ吗?或者就用SW可以不呢

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发表于 Post on 2020-6-12 17:04:53 | 只看该作者 Only view this author
Riddermark 发表于 2020-6-12 11:08
请问大佬,不能在gmx里用swm4吗?那能用tip4p-FQ吗?或者就用SW可以不呢

可以在GMX里用Shell particle,但是慢。Drude model不用Dual Langevin thermostat会慢到令人发指。

基于动态电荷的model我完全没跑过,知道的也不太多。Lammps支持动态电荷,但是我不知道它支不支持tip4p-fq那种。现在用动态电荷的水模型的人很少了,Morita一直在发展这个领域,但是他的MD engine不开源,想拿来试试也做不到。

SW是啥……

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