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楼主 Author: 邱美佳
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[GROMACS] gromacs的续跑问题如何实现?

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发表于 Post on 2022-3-24 10:28:59 | 只看该作者 Only view this author
tangzi_via 发表于 2022-3-23 19:25
老师请问一下,我误删了log文件应该如何续跑呀

续跑不需要log文件

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发表于 Post on 2022-5-11 20:13:05 | 只看该作者 Only view this author
请教一下,输入续跑命令之后,是不是有一段读取时间?

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发表于 Post on 2022-9-19 12:18:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-18 11:58
续跑意外断掉的做法就是楼上说的,延长模拟看:

sobl老师中午好,关于续跑,我有两个疑问。在gmx grompp指令中输入-t 可以读取上次的轨迹文件中最后一帧的位置,速度和力作为新的模拟的初始点。这算是延续延续之前动力学最后的状态吗。另外我看手册中,gmx mdrun中的cpi是在相同的温控压控方法下读取cpt文件继续跑。关于在heat_NPT跑完后,再跑MD_NPT时延续heat_NPT最后的动力学状态,我是使用gmx grompp -t xxx.trr,还是使用gmx mdrun -ci xxx.cpt还是两者都用呢(压控方法前者是Berendsen,后者是PR)
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发表于 Post on 2022-9-19 14:46:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-18 11:58
续跑意外断掉的做法就是楼上说的,延长模拟看:

老师,我之前发的消息发现没有显示,不知道您能否看到。所以重新又写了一下,如果老师您那边发现有两条相同的消息请见谅。我有两个关于续跑的疑问。gmx grompp中的-t可以读取上一次动力学模拟的位置和速度作为本次模拟的初始值。而gms mdrun中的-cpi是在相同模拟模拟中断或延长时间下读取cpt文件续跑的。基于以上的理解,那么想要MD_heat_NPT(压控方法是Berendsen)跑完后再续跑NPT(压控方法是PR),是通过gmx grompp -t xxx.cpt读取上一次跑完后的最后一帧信息(位置和速度),对吗?
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发表于 Post on 2022-9-19 23:45:02 | 只看该作者 Only view this author
JCenter 发表于 2022-9-19 14:46
老师,我之前发的消息发现没有显示,不知道您能否看到。所以重新又写了一下,如果老师您那边发现有两条相 ...


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-9-20 02:11:03 | 只看该作者 Only view this author

非常感谢sob老师,我就是这么做的。
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发表于 Post on 2022-10-10 15:29:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-18 11:58
续跑意外断掉的做法就是楼上说的,延长模拟看:

老师,我是跑完了100ns,然后用图中例4的命令打算再跑20ns,这20ns跑的过程中服务器被切断了,此刻我应该如何续跑呢,请问还是用gmx mdrun -v  -deffnm md吗

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发表于 Post on 2022-10-10 16:08:03 | 只看该作者 Only view this author
yangzaia 发表于 2022-10-10 15:29
老师,我是跑完了100ns,然后用图中例4的命令打算再跑20ns,这20ns跑的过程中服务器被切断了,此刻我应该 ...

你这样是重新跑

应当gmx mdrun -v -deffnm md -cpi md.cpt


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发表于 Post on 2022-10-11 10:45:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-10 16:08
你这样是重新跑

应当gmx mdrun -v -deffnm md -cpi md.cpt

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2022-10-28 16:30:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-18 11:58
续跑意外断掉的做法就是楼上说的,延长模拟看:

例4 续跑的情况在2016往后的版本需要额外添加-s选项指定新的tpr文件
例如 gmx mdrun -v -deffnm md1 -s md1.tpr -cpi md1.cpt

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发表于 Post on 2022-10-29 04:38:07 | 只看该作者 Only view this author
piggystar 发表于 2022-10-28 16:30
例4 续跑的情况在2016往后的版本需要额外添加-s选项指定新的tpr文件
例如 gmx mdrun -v -deffnm md1 -s  ...

不需要添加
-deffnm md1本身就已经起到-s md1.tpr的效果了
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小银驴儿 发表于 2020-6-19 09:50
**** 作者被禁止或删除 内容自动屏蔽 ****

请问修改脚本怎么弄呀

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发表于 Post on 2023-10-17 10:28:17 | 只看该作者 Only view this author
tww 发表于 2021-7-16 10:44
老师您好!我按照您说的方式续跑,出现这个错误,请问怎么处理呀!

您好,请问您解决这个问题了吗~?请教大佬

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快学快学,多好的东西

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发表于 Post on 2023-12-29 10:05:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-18 11:58
续跑意外断掉的做法就是楼上说的,延长模拟看:

sob老师你好,续跑的命令我看明白了。但是我想知道,续跑的时候,内存占用是按照续跑的时间内存来写还是会将原本的文件内存也一并读取呢?首次计算的时候64g内存使用了60g左右,续算打算延长差不多的时间。这种情况下,占用内存会是60还是120呀

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发表于 Post on 2023-12-30 05:33:35 | 只看该作者 Only view this author
rdcfm1223 发表于 2023-12-29 10:05
sob老师你好,续跑的命令我看明白了。但是我想知道,续跑的时候,内存占用是按照续跑的时间内存来写还是 ...

分清楚内存和硬盘
轨迹又不占内存
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