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[综合交流] 请教三聚体相互作用能的计算问题

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发表于 2020-6-18 17:04:23 | 显示全部楼层 |阅读模式
请问大神,用超分子方法计算三聚体的相互作用能,有下面两个方法(都不考虑BSSE的问题),

(1)   E(ABC) - E(A) - E(B) - E(C)
(2)   E(ABC) - E(AB) - E(BC) - E(AC) + E(A) + E(B) + E(C)

由于方法(2)考虑了耦合项,是不是要更合理一些?
谢谢指导!


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发表于 2020-6-18 20:10:51 | 显示全部楼层
第二个式子不是计算三体结合能的,而是计算三体耦合作用的(即三体结合能中无法被双体作用描述的那部分),明显二者不是一码事。看DOI: 10.1021/acs.jctc.5b00281的2.3节的描述
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 楼主| 发表于 2020-6-18 20:24:08 | 显示全部楼层
本帖最后由 captain 于 2020-6-18 20:29 编辑
sobereva 发表于 2020-6-18 20:10
第二个式子不是计算三体结合能的,而是计算三体耦合作用的(即三体结合能中无法被双体作用描述的那部分), ...

大神,我看的就是那篇文献。
(2)被称为 the three-body energy,看来意思是三体耦合作用能。
那么用(1)来计算应该是合理的吧!

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发表于 2020-6-21 02:57:33 | 显示全部楼层
captain 发表于 2020-6-18 20:24
大神,我看的就是那篇文献。
(2)被称为 the three-body energy,看来意思是三体耦合作用能。
那么用 ...

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 楼主| 发表于 2020-6-21 08:17:31 | 显示全部楼层

谢谢大神指导!
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 楼主| 发表于 4 天前 | 显示全部楼层
本帖最后由 captain 于 2020-9-16 17:00 编辑

还想请教大神一下,这篇文献里(J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 1444-1452)提到,

The interaction energy between A and B in the presence of C, DeltaEC(A-B),
was calculated as DeltaE(A-BC) - DeltaE(AC)    (1)
感觉这种处理方式没有考虑单体间的极化和多体效应,应该是一种不太严格的计算方法吧?
另外DeltaE(AC)是不是改为DeltaEB(AC),即B存在时A-C相互作用能更合理一些?(但是这样也不好进行实际的计算)

如果Int是由SAPT计算的双体相互作用能,那么下面这个式子没有考虑单体间的极化和多体效应,应该是不严格的吧?
Int(A-BC)=Int(A-B)+Int(A-C)      (2)

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发表于 4 天前 | 显示全部楼层
captain 发表于 2020-9-16 09:38
还想请教大神一下,这篇文献里(J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 1444-1452)提到,
The interaction  ...

极化和多体效应都考虑了啊,都在DeltaE(A-BC)里。
把所有的DeltaE都展开,可以得到E(ABC)-E(A)-E(BC)-E(AC)+E(A)+E(C)=E(ABC)-E(BC)-E(AC)+E(C),其中E(ABC)显然包含了所有的多体效应。
如果改成DeltaEB(AC),那就成为了一个鸡生蛋蛋生鸡的问题——你怎么计算DeltaEB(AC)?是不是又要套DeltaEC(AB)的公式,得到DeltaE(A-BC)-DeltaEB(AC)?跟原式一联立,DeltaEB(AC)和DeltaEC(AB)都消掉了,你啥也没得到。

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 楼主| 发表于 4 天前 | 显示全部楼层
本帖最后由 captain 于 2020-9-16 17:18 编辑
wzkchem5 发表于 2020-9-16 14:02
极化和多体效应都考虑了啊,都在DeltaE(A-BC)里。
把所有的DeltaE都展开,可以得到E(ABC)-E(A)-E(BC)-E( ...

谢谢热心解答,我没有表达清楚,又编辑了一下帖子。
如果deltaE是基于超分子方法计算的,那么(1)式确实是严格的。
如果deltaE是基于SAPT方法计算的,那么(2)式就不严格了吧!
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发表于 4 天前 | 显示全部楼层
captain 发表于 2020-9-16 17:04
谢谢热心解答,我没有表达清楚,又编辑了一下帖子。
如果deltaE是基于超分子方法计算的,那么(1)式确实 ...

对,Int(A-BC)应该以A为一个单体、BC复合物为另一个单体进行计算

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 楼主| 发表于 4 天前 | 显示全部楼层
本帖最后由 captain 于 2020-9-16 18:52 编辑
wzkchem5 发表于 2020-9-16 18:15
对,Int(A-BC)应该以A为一个单体、BC复合物为另一个单体进行计算

好的,谢谢,基本明白了!
另外如果只是简单的定性的研究,(2)式是否也可以用来说明一下问题呢?

还想再听一听社长的高见!
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发表于 昨天 11:37 | 显示全部楼层
captain 发表于 2020-9-16 18:48
好的,谢谢,基本明白了!
另外如果只是简单的定性的研究,(2)式是否也可以用来说明一下问题呢?

(1)没问题
(2)如果B-C彼此间的极化作用对于A-B、A-C相互作用能的影响可以忽略的话,可以这么算
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 楼主| 发表于 昨天 12:01 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-9-19 11:37
(1)没问题
(2)如果B-C彼此间的极化作用对于A-B、A-C相互作用能的影响可以忽略的话,可以这么算

好的,明白了, 谢谢大神指导!
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