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楼主 Author: liyuanhe211
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[配置讨论] 求助约¥4W的Gaussian机器配置

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发表于 Post on 2015-12-16 22:38:03 | 只看该作者 Only view this author
我们想买一个2w-3w的工作站,想按照楼主25000预算的那套买,请问这个配置的话跑100个原子,b3lyp/6-311+g(3df,3pd)够用吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-12-16 23:44:29 | 只看该作者 Only view this author
zhoufan88 发表于 2015-12-16 22:38
我们想买一个2w-3w的工作站,想按照楼主25000预算的那套买,请问这个配置的话跑100个原子,b3lyp/6-311+g(3 ...

这基组怎么看着这么别扭呢。。。找@sobereva 确认一下是不是合理


实测:前面的配置,CPU是2680 v2(差一点3w)

Gaussian 09 D.01 / ORCA 3.0.3,CentOS 6.2
90+原子,两个Co,两个Si,其他C、H、O;计算一步基元反应

过渡态在:opt 和 freq在 PBE/[LanL2DZ for Co, 6-31G(d) for others] 水平下计算在同样水平下进行IRC
对IRC两端的产物和底物分别做opt freq
产生的三个结构分别在M05-2X下计算标准的SMD溶剂化能
最后用RI-PWPB95/Def2-QZVPP(-g,-f)对三个结构做QZ级别的双杂化单点能

整个过程,没遇到任何问题的话,用一台2680 v2机器,用时(wall time)不到两天。

决速步是最后的双杂化计算,(考虑并行效率)两个任务同时运行需约23h(相当于每个任务11h+),如果降低到TZ级别,2小时内即可完成。


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发表于 Post on 2015-12-17 01:20:10 | 只看该作者 Only view this author
zhoufan88 发表于 2015-12-16 22:38
我们想买一个2w-3w的工作站,想按照楼主25000预算的那套买,请问这个配置的话跑100个原子,b3lyp/6-311+g(3 ...


LZ的配置完全没问题。
你的基组选得很糟糕。DFT不需要那么多极化函数,而且pople基组加那么多极化函数的时候基组就会构建得很ugly,此时性价比远逊于def2系列基组。B3LYP用TZVP就够了,如果算单点时希望再提高点基组,def2-TZVP就够了。
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发表于 Post on 2015-12-17 09:14:10 | 只看该作者 Only view this author
嗯嗯,谢谢SOB老师和LZ的指点,因为我是计算化学的新手,所以不太懂,以为基组越大越好呢。那老师我现在正在用M062X/6-311+g(3d,2p)和M062X/6-311+g(3df,3pd)进行一个有弱相互作用的分子的opt+freq,请问这两个是否合理呢?谢谢老师。@sobereva

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发表于 Post on 2015-12-17 09:57:21 | 只看该作者 Only view this author
zhoufan88 发表于 2015-12-17 09:14
嗯嗯,谢谢SOB老师和LZ的指点,因为我是计算化学的新手,所以不太懂,以为基组越大越好呢。那老师我现在正 ...


用6-311+G**就够了
DFT对于极化函数要求不高,加那么多没用,而且耗时剧增。
理论方法和基组的选择应当匹配,否则一方就会成为瓶颈。真要想提升精度,基组的提升时理论方法也应当提升,即用双杂化泛函结合jul-cc-pVTZ
可以看此贴,后面有计算级别推荐
乱谈DFT-D
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发表于 Post on 2015-12-17 10:03:52 | 只看该作者 Only view this author
好,谢谢老师,我好好研究一下。

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发表于 Post on 2016-12-10 20:47:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-9-28 20:57
已经够了,一百多原子高斯DFT/6-31G*没压力。两百也能应付。

老师,楼主的这台25000的机器:
CPU        E5 2650 V2 * 2       14200.00
风扇        超频3 S126                230.00
主板        超微X9DRL-IF        2550.00
内存        金士顿16G DDR3 *4  3440.00
硬盘        2T SAS企业级        1050.00
如果用Molcas的Single-Aniso计算稀土离子磁性质,够不够用?
因为我以后可能要用到Molcas,预算最多也就这个级别了,攒起来后能不能跑起来现在心里还没数,所以想跟您咨询一下

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发表于 Post on 2016-12-10 23:23:31 | 只看该作者 Only view this author
caofan_success 发表于 2016-12-10 20:47
老师,楼主的这台25000的机器:
CPU        E5 2650 V2 * 2       14200.00
风扇        超频3 S126   ...

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发表于 Post on 2016-12-10 23:51:43 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2016-12-11 11:47:29 | 只看该作者 Only view this author
我们实验室刚买了两台服务器,参考http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 04&fromuid=1197。E5 v2系列降价很多,换成2680 v2完全合适。
gcq#413: "I know poetry is not dead, nor genius lost; nor has Mammon gained power over either, to bind or slay; they will both assert their existence, their presence, their liberty and strength again one day." (Jane Eyre in Jane Eyre by Charlotte Bronte)

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