gromacs安装问题求助

syllmry · 发表于 Post on 2020-6-22 09:59:44

我按照教程装了centOS7.6 和 gromacs2018.4 ，但是装完之后显示的信息（如图）和教程里面不太一样，请问这个有没有影响啊?能正常运行吗？

liuyuje714 · 发表于 Post on 2020-6-22 10:06:24

因为centos7现在仓库的cmake版本太高了（>3.13以后），而你的gmx版本低于2019.5，因此这个不能自动识别CPU版本和指令集的bug任然存在。有多种解决方案，你可以直接cmake的时候添加-DGMX_SIMD=AVX2_256（现在的cpu都支持，你可以网上查一下你的cpu支持的最高指令集），或者降低cmake到3.13或者以下都可以。

syllmry · 发表于 Post on 2020-6-22 10:20:10

liuyuje714 发表于 2020-6-22 10:06
因为centos7现在仓库的cmake版本太高了（>3.13以后），而你的gmx版本低于2019.5，因此这个不能自动识别CPU ...

好的，谢谢，我试试

syllmry · 发表于 Post on 2020-6-22 11:45:06

我想自己装cmake3.13，但是输入./bootstrap --prefix=/sob/cmake3之后就提示bash: ./bootstrap: No such file or directory ，就安装不了，这是为什么啊？之前也好几次遇到这种问题，换成./configure --prefix=/sob/cmake3也不行。

尘外客 · 发表于 Post on 2022-5-10 16:55:11

syllmry 发表于 2020-6-22 11:45
**** 作者被禁止或删除内容自动屏蔽 ****

打扰一下，楼主解决这个问题了吗？

lishen123 · 发表于 Post on 2023-11-10 13:33:58

请问cmake那一步如何加上-DGMX_SIMD=AVX2_256来使用AVX2指令集。是cmake3 .. -DGMX_SIMD=AVX2_256-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/sob/gmx2018.8 这样吗？

wanzongliang · 发表于 Post on 2023-11-10 14:31:45

lishen123 发表于 2023-11-10 13:33
请问cmake那一步如何加上-DGMX_SIMD=AVX2_256来使用AVX2指令集。是cmake3 .. -DGMX_SIMD=AVX2_256-DCMAKE_I ...

不是你自己安装的cmake你直接cmake就行，俩个指令间要加空格
cmake .. -DGMX_SIMD=AVX2_256 -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/sob/gmx2018.8

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