蛋白配体复合物模拟教程

1097437993 · 发表于 Post on 2020-6-22 18:39:50

请问我在做蛋白配体动力学模拟的时候按照教程的操作，输入grep命令时，显示grep : 无法将“grep”项识别为 cmdlet、函数、脚本文件或可运行程序的名称。请检查名称的拼写，如果包括路径，请确保路径正确，然后再试一次。于是我使用pymol将配体蛋白分别导出。
做到添加离子这一步，gmx grompp -f em.mdp -c solv.gro -p topol.top -o ions.tpr top文件老是莫名的内容消失，出现“NO molecules were defined in the system ，不知道是什么原因，还请各位老师指导。

liuyuje714 · 发表于 Post on 2020-6-22 18:53:57

windows的cmd或者powershell没有grep这一类linux命令。自己装个shell环境，比如cmder，cygwin

1097437993 · 发表于 Post on 2020-6-22 19:17:52

liuyuje714 发表于 2020-6-22 18:53
windows的cmd或者powershell没有grep这一类linux命令。自己装个shell环境，比如cmder，cygwin

谢谢您我去试一下

snljty · 发表于 Post on 2020-6-22 22:15:38

windows下有个叫findstr的命令，不考虑大小写是findstr /i，帮助菜单是findstr /?，不过不太好用。可以把Windows Subsystem of Linux开开。

1097437993 · 发表于 Post on 2020-6-23 21:34:06

snljty 发表于 2020-6-22 22:15
windows下有个叫findstr的命令，不考虑大小写是findstr /i，帮助菜单是findstr /?，不过不太好用。可以把Wi ...

谢谢您我去试一下最近忙别的实验没能回复您不好意思了感谢您的回复

snljty · 发表于 Post on 2020-6-23 23:09:23

1097437993 发表于 2020-6-23 21:34
谢谢您我去试一下最近忙别的实验没能回复您不好意思了感谢您的回复

你的top文件最好贴一下，看是不是忘了写[ molecules ]字段的内容？

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