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[综合交流] 这年头审稿人都对色散校正这么执着么

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同事的稿子,一个苯环,俩取代基——甲基和溴,就是这么简单的一个分子,优化了结构,结果审稿人说他优化结构时候没加色散校正,让他加。
他懒得跟审稿人辩论,就加了,其实结果并没有本质区别,还得费时间重新算别的,好歹是小分子,同事也没太大抱怨,最后稿子顺利通过。
最近他又投一个稿子,一个碳六元环,带一个氯,算了一下环的翻转的能量变化,结果审稿人又说他没加色散校正,让他加。
哥们儿这次真暴躁了,把别的修改建议都采纳了,就这个不听,怼回去说不用加色散。结果审稿人又怼回来了,说现在什么时代了,是个DFT都要加色散校正,加了总比不加好!
哥们儿愈加烦闷,开始怼编辑了:瞧你找的都是什么审稿人,费我时间!编辑脾气挺好,像个淘宝客服一样地劝他:还是加上色散校正吧,这年头大家都加,加了也不费多少时间啊,又可以保证计算更准确,简直空手套白狼,你就加嘛。
哥们儿还是不爽,请我们几个吃烧烤诉苦,吃到半夜了他还吃个不停,喝了好几瓶了……看来是真的气坏了……

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发表于 Post on 2020-6-24 13:45:10 | 只看该作者 Only view this author
我觉得审稿人说得没错

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发表于 Post on 2020-6-28 19:39:01 | 只看该作者 Only view this author
这种情况,就拿体系中少数几个结构,把加和不加D3的结构绘制个叠加图,证明当前情况加是多余的就完了

遇见无知审稿人是司空见惯的事,习惯就好
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发表于 Post on 2020-6-30 23:45:47 | 只看该作者 Only view this author
感觉用pw算周期晶体加色散校正以后结果会很差,不如不加

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发表于 Post on 2020-7-7 05:18:59 | 只看该作者 Only view this author
oxox6085 发表于 2020-6-30 23:45
感觉用pw算周期晶体加色散校正以后结果会很差,不如不加

这得看具体什么形式的色散校正,以及具体问题,这和PW没有直接关系
诸如算二维材料层间距、剥落能之类,对于色散作用描述不好的泛函不加色散校正是肯定没法用的
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发表于 Post on 2020-7-7 11:50:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-7 05:18
这得看具体什么形式的色散校正,以及具体问题,这和PW没有直接关系
诸如算二维材料层间距、剥落能之类, ...

嗯嗯对的。
我以前主要用VASP等软件算三维晶体材料。发现一些本身PBE可以较好预测的加压相变加上D2修正以后稳定性顺序都变得不对了。

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发表于 Post on 2020-7-7 13:26:02 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
oxox6085 发表于 2020-7-7 11:50
嗯嗯对的。
我以前主要用VASP等软件算三维晶体材料。发现一些本身PBE可以较好预测的加压相变加上D2修正 ...

D2本来就众所周知严重高估色散作用

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发表于 Post on 2020-7-8 03:44:53 | 只看该作者 Only view this author
oxox6085 发表于 2020-7-7 11:50
嗯嗯对的。
我以前主要用VASP等软件算三维晶体材料。发现一些本身PBE可以较好预测的加压相变加上D2修正 ...

注意看最近新出的这篇文章J. Chem. Theory Comput. (2020)  DOI: 10.1021/acs.jctc.0c00149
DFT-D2/3绝对不是对于所有三维晶体都不适用,只是有些类型体系问题相对突出一些,上文就对一类问题做了原因的分析。而且都有了D3干嘛还用过时的D2。

D3表现也不好的情况应当尝试DFT-D4。

绝对不能把“色散校正”和DFT-D2/3划等号。DFT-D以外的色散校正方法多了去了:XDM、dDSC、TS、LRD、vdW-DF/VV10、MBD@rsSCS、uMBD、OBS、DFT-ulg

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发表于 Post on 2020-8-9 10:59:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-8 03:44
注意看最近新出的这篇文章J. Chem. Theory Comput. (2020)  DOI: 10.1021/acs.jctc.0c00149
DFT-D2/3绝 ...

请问社长,DFT-D4相比于D3优势在哪里?计算耗时性会大幅增加吗
努力挖掘科学的本质

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发表于 Post on 2020-8-10 05:52:44 | 只看该作者 Only view this author
Penson 发表于 2020-8-9 10:59
请问社长,DFT-D4相比于D3优势在哪里?计算耗时性会大幅增加吗

DFT-D4色散校正的简介与使用
http://sobereva.com/464http://bbs.keinsci.com/thread-12136-1-1.html
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发表于 Post on 2020-8-11 02:53:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-8-10 05:52
DFT-D4色散校正的简介与使用
http://sobereva.com/464(http://bbs.keinsci.com/thread-12136-1-1.html ...

好的,感谢社长
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发表于 Post on 2025-6-8 18:51:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-8 03:44
注意看最近新出的这篇文章J. Chem. Theory Comput. (2020)  DOI: 10.1021/acs.jctc.0c00149
DFT-D2/3绝 ...

sob老师,请问CP2K能否进行XDM矫正呢?

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发表于 Post on 2025-6-9 17:21:08 | 只看该作者 Only view this author
ljh123 发表于 2025-6-8 18:51
sob老师,请问CP2K能否进行XDM矫正呢?

不能。而且没什么用的理由
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