namd求助ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 251!

枝昂昂昂 · 发表于 Post on 2020-6-25 16:09:49

我在用namd做计算的时候，设置的是2500个frame，计算到1930就中断了。查看日志发现：ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 251!ERROR: Constraint failure; simulation has become unstable.
ERROR: Exiting prematurely; see error messages above.
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WallClock: 141014.031250 CPUTime: 140979.875000 Memory: 371.753906 MB
[Partition 0][Node 0] End of program

我的最小化步长设置的60000

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-6-26 12:43:58

有可能是很多原因，最大的可能是初始结构不好

枝昂昂昂 · 发表于 Post on 2020-6-27 13:49:01

fhh2626 发表于 2020-6-26 12:43
有可能是很多原因，最大的可能是初始结构不好

你好，方便加个微信嘛？

wyb · 发表于 Post on 2020-7-15 09:36:15

延长一下最小化步骤，或者先在charmm里面跑最小化，然后去namd跑后续的，具体步骤见charmm-gui

哈哈加油 · 发表于 Post on 2021-8-30 12:58:20

fhh2626 发表于 2020-6-26 12:43
有可能是很多原因，最大的可能是初始结构不好

你好，方便加个微信吗？想请教你一下

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[NAMD] namd求助ERROR: Constraint failure in RATTLE algorithm for atom 251!