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[GROMACS] 求助ATB生成拓扑文件的问题

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我在使用ATB生成甲醇的拓扑文件时,提示这个分子已经在数据库中存在了,然后给我提供了这些分子的结构信息,但是我发现并没有下载top文件的地方,请问如何用ATB网站生成拓扑文件呢

ATB网站显示的分子信息

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发表于 Post on 2020-6-27 00:25:50 | 只看该作者 Only view this author
这么简单的体系早就有别人提交过了,直接在分子库里搜索并下载现成的就行了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-27 11:02:49 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zhangzh 于 2020-6-27 11:03 编辑
sobereva 发表于 2020-6-27 00:25
这么简单的体系早就有别人提交过了,直接在分子库里搜索并下载现成的就行了

我确实在ATB的分子库里搜到了,但是没有看到top文件的下载链接,请问具体在哪里下载呢?分子库里只有截图所示的信息,还是说我找的地方不对?

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发表于 Post on 2020-6-27 17:59:30 | 只看该作者 Only view this author
zhangzh 发表于 2020-6-27 11:02
我确实在ATB的分子库里搜到了,但是没有看到top文件的下载链接,请问具体在哪里下载呢?分子库里只有截图 ...

仔细找找肯定有。先进入show molecule page
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发表于 Post on 2020-6-27 20:02:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-27 17:59
仔细找找肯定有。先进入show molecule page

请教SOB老师,
ATB生成的小分子力场,有联合原子力场和全原子力场。
跑MD时,是不是联合原子力场的速度要快(该小分子作为溶剂)?

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发表于 Post on 2020-6-29 01:06:21 | 只看该作者 Only view this author
azero 发表于 2020-6-27 20:02
请教SOB老师,
ATB生成的小分子力场,有联合原子力场和全原子力场。
跑MD时,是不是联合原子力场的速度 ...

别管全原子力场。gromos就是联合原子力场。ATB显示的信息有严重误导性
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发表于 Post on 2020-6-29 09:24:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-29 01:06
别管全原子力场。gromos就是联合原子力场。ATB显示的信息有严重误导性


1. 试了试用同样小分子个数的AT全原子itp和AT联合原子itp跑MD

全原子的确慢很多, 所以还是很纠结ATB的联合原子itp和全原子itp

2. 后面打算做另外一个体系,低共熔的体系,如果用联合原子itp,能否统计溶剂氢键情况?

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发表于 Post on 2020-6-29 21:05:13 | 只看该作者 Only view this author
azero 发表于 2020-6-29 09:24
1. 试了试用同样小分子个数的AT全原子itp和AT联合原子itp跑MD

全原子的确慢很多, 所以还是很纠结ATB ...

本身GROMOS就是联合原子力场,显然就应当用联合原子的itp

联合原子只是把非极性的氢给联合了,而能形成氢键的非极性的氢是明确保留的,因此明显不影响你统计氢键。
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sobereva 发表于 2020-6-29 21:05
本身GROMOS就是联合原子力场,显然就应当用联合原子的itp

联合原子只是把非极性的氢给联合了,而能形 ...

老师,发生ATB联合原子力场生成的pdb文件中有的氢原子缺少,可以手动自己给添加上之后再进行动力学模拟吗?

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发表于 Post on 2021-9-8 03:35:28 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2021-9-7 10:43
老师,发生ATB联合原子力场生成的pdb文件中有的氢原子缺少,可以手动自己给添加上之后再进行动力学模拟吗 ...

那不叫缺少,本来联合原子力场就是不明确地考虑非极性氢,是力场本来的特征
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