使用vmd批量渲染cube文件的tcl脚本vcube 更新2.0版

欢乐多 · 发表于 Post on 2020-8-25 20:51:13

ggdh 发表于 2020-8-24 20:32
你是一个cube文件中有多个结构文件么？

谢谢，回复，已经解决了

ggdh · 发表于 Post on 2020-9-18 12:43:26

exity 发表于 2020-7-31 15:20
建议添加功能
不直接调用tachyon进行高清图片渲染，而是输出同名dat文件，即tachyon渲染要调用的文件
然 ...

最新版本能够更方便的在window下设置然后拷贝到linux下渲染了。

exity · 发表于 Post on 2020-12-24 09:52:26

做回伸手党！
强烈呼吁map功能多内置几种style

winnerwill · 发表于 Post on 2020-12-29 11:25:39

ggdh 发表于 2020-9-18 12:43
最新版本能够更方便的在window下设置然后拷贝到linux下渲染了。

不知道能否还有以下功能：
很多时候需要拼接图像。比如要做常规的HOMO/LUMO和几何结构的一张完整的图。
能否调节摆放好LUMO和HOMO 等值面图之后，作为一个组，增加一个整组复制并摆放的功能，作为一个新的group，对这个group隐去等值面而只显示几何结构，另外对其中的LUMO或者HOMO统一旋转成侧视图？
这样一起摆放完整一次渲染，可以减少很多拼接的操作。

ggdh · 发表于 Post on 2020-12-29 12:33:31

winnerwill 发表于 2020-12-29 11:25
不知道能否还有以下功能：
很多时候需要拼接图像。比如要做常规的HOMO/LUMO和几何结构的一张完整的图。
...

你是想在一张图中把所有的轨道和结构摆好，然后同时渲染么？

winnerwill · 发表于 Post on 2020-12-29 13:06:10

ggdh 发表于 2020-12-29 12:33
你是想在一张图中把所有的轨道和结构摆好，然后同时渲染么？

是的。

winnerwill · 发表于 Post on 2021-1-5 10:38:51

发现vrender命令有个小问题，不知道是否使用姿势不当：在VMD里面拼接的不同图一起渲染时，如果存在部分分子不想显示的情况（如mol new 创建的文字标签），直接用vrender命令来输出dat文件，会把列表中原先设置不显示的分子也显示出来，或者把各个分子分开成多个。
只能用preview功能来输出，或者用直接render Tachyon xxx.dat命令输出。
这个主要是想传到服务器去渲染。

liuyuje714 · 发表于 Post on 2021-1-5 14:49:25

楼主可否给vrender增加一个使用ospray渲染器的选项，就是render TachyonLOSPRayInternal，此渲染器非常的快

hebrewsnabla · 发表于 Post on 2021-1-7 22:13:37

本帖最后由 hebrewsnabla 于 2021-1-7 22:14 编辑

linux下有个问题，vrender选择Render Now后显示

run /home/wsr/vcube/VCUBE/renderall.bat now...
couldn't execute "": no such file or directory

复制代码

但是我自己手动

bash renderall.dat

复制代码

是可以渲染的

ggdh · 发表于 Post on 2021-1-9 22:03:45

本帖最后由 ggdh 于 2021-1-9 22:05 编辑

liuyuje714 发表于 2021-1-5 14:49
楼主可否给vrender增加一个使用ospray渲染器的选项，就是render TachyonLOSPRayInternal，此渲染器非常的快

确实非常快，但是出的图片不正常，不知道你是否遇到这种情况
我用的vmd版本是：vmd194a51win64-SetupV6.exe
如下图所示，下面分别是TachyonLOSPRayInternal 和 Tachyon 渲染的图片

liuyuje714 · 发表于 Post on 2021-1-9 22:24:33

本帖最后由 liuyuje714 于 2021-1-9 22:28 编辑

ggdh 发表于 2021-1-9 22:03
确实非常快，但是出的图片不正常，不知道你是否遇到这种情况
我用的vmd版本是：vmd194a51win64-SetupV6. ...

目前不要用官网的，那个版本编译的有很多问题。我有个帖子分享的有我编译的，那个正常。

ggdh · 发表于 Post on 2021-1-10 12:08:11

hebrewsnabla 发表于 2021-1-7 22:13
linux下有个问题，vrender选择Render Now后显示

但是我自己手动是可以渲染的

新版默认使用命令
bash renderall.sh了试试看

ggdh · 发表于 Post on 2021-1-10 12:10:29

winnerwill 发表于 2021-1-5 10:38
发现vrender命令有个小问题，不知道是否使用姿势不当：在VMD里面拼接的不同图一起渲染时，如果存在部分分子 ...

2.0版本增加了命令
vrenders
渲染当前场景，适用你这种情况，你试试看，不过一次只能渲染一张图，
如果你要渲染多张图
vrenders fig01
操作一番，然后
vrenders fig02
然后把fig01.sh fig02.sh 传到服务器上分别运行

ggdh · 发表于 Post on 2021-1-10 12:33:45

winnerwill 发表于 2020-12-29 11:25
不知道能否还有以下功能：
很多时候需要拼接图像。比如要做常规的HOMO/LUMO和几何结构的一张完整的图。
...

vmd自己没有拷贝的功能，所以很难直接实现你说的，不过2.0版会方便一点
首先
vcube *_oH.cub *_oL.cub
加载所有的cub文件
然后输入
vrename .cub _sideview.cub 把所有的分子名加上sizeview后缀
然后输入
vmol *_oH.cub，加载分子结构
然后输入
vrename _oH.cub _mol.cub 把这部分分子重命名
然后再次输入
vcube *_oH.cub *_oL.cub
这样每一个分子对应5个molecule，分别是HOMO的两种视图，LUMO的两种视图，以及一个分子结构试图
然后按两下g 显示所有分子
然后再自己再按w，s选中每一个分子一个摆就行了
摆好后，用vrenders 渲染当前场景就行。
另外vgroup 增加了分组的方式，应该可以实现整行或者整列的同时移动。帮助里面有你自己摸索一下把。
另外我自己一般都是一个一个渲染，然后用MFigcompose 拼图的。。。后面MFigcompose发布了你也可以参考下。

ggdh · 发表于 Post on 2021-1-10 13:12:54

本帖最后由 ggdh 于 2021-1-10 13:14 编辑

liuyuje714 发表于 2021-1-9 22:24
目前不要用官网的，那个版本编译的有很多问题。我有个帖子分享的有我编译的，那个正常。

你这个版本确实比官方好，官方的连tachyon_WIN64.exe都没有。。。
不过用了你的版本ospray还是黑的。。
不知道是我的cpu 的问题还是vcube的某些设置有问题

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