蛋白二氧化硅复合体interface力场问题

黑色幽默pxj · 发表于 Post on 2020-6-28 11:04:03

最近在用gmx做alpha_v_beta_3与二氧化硅的MD，文献中对蛋白使用的是charmm27力场，提到了二氧化硅使用的interface力场。我打算分别用charmm27作用于蛋白，interface作用于二氧化硅，生成两个top文件然后再合并。但是interface不是gmx内部的力场，不知道怎么处理，复制到当前目录下，使用x2top生成top文件，但是提示的力场选项里面也没有interface力场。目录里面其他的力场能显示出来。请问interface力场是直接这么用的吗？还是有别的注意事项，暂时没找到相关的教程。另外导师让我重复的那篇文章是Intracellular Pathways Involved in Bone Regeneration Triggered by Recombinant Silk–Silica Chimeras。初学MD，很多不懂的地方，还请各位大佬赐教，提前感谢了

dinhogj · 发表于 Post on 2022-3-28 11:36:55

我也想用interface力场,请问能指教下么?

Lacrimosa · 发表于 Post on 2022-3-28 11:43:12

本帖最后由 Lacrimosa 于 2022-3-28 11:47 编辑

dinhogj 发表于 2022-3-28 11:36
我也想用interface力场,请问能指教下么?

如果你的目的是模拟二氧化硅，Sobtop范例里用的参数就是INTERFACE力场作者开发的，你可以直接使用，参数和INTERFACE几乎一样，如果你执着于INTERFACE，你只需要参照INTERFACE的参数稍作修改就可以。

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-28 11:46:54

看http://sobereva.com/soft/Sobtop/里二氧化硅的例子，直接可以兼容AMBER/GAFF用于模拟SiO2结合蛋白/核酸和小分子体系

LiuSX · 发表于 Post on 2022-10-25 16:30:05

sobereva 发表于 2022-3-28 11:46
看http://sobereva.com/soft/Sobtop/里二氧化硅的例子，直接可以兼容AMBER/GAFF用于模拟SiO2结合蛋白/核酸 ...

社长，我延伸一下这个话题，对于使用INTERFACE力场的其它材料比如说蒙脱土，可以和Amber力场联用吗？

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