求助GROMACS模拟碳纳米管时报错

zhangzh

我在使用GROMACS做md模拟时提示了这样的错误，内容是在真空下做单壁CNT的平衡模拟。报错和输入文件如下报错：
500000 steps,   1000.0 ps.

Step 200, time 0.4 (ps)  LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 67895.007812, max 1092498.625000 (between atoms 635 and 636)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length
     37     38   37.6    0.1430   0.1993      0.1420
     38     51   81.8    0.1428   0.3497      0.1420
     40     41   37.1    0.1432   0.2015      0.1420
     40     53   80.5    0.1431   0.2964      0.1420
     49     50   54.6    0.1422   0.2368      0.1420
     50     51   83.8    0.1424   0.3415      0.1420
     51     52   80.7    0.1426   0.4484      0.1420
     52     53   83.5    0.1426   0.5105      0.1420
     52     63  142.5    0.1424  36.3048      0.1420
     53     54   80.9    0.1430   0.2785      0.1420
     54     55   31.4    0.1432   0.1810      0.1420
     54     65   67.4    0.1431   0.2107      0.1420
     63     64   75.2    0.1423  35.9814      0.1420
     64     77   89.2    0.1423   0.6798      0.1420
     65     66   57.1    0.1430   0.2174      0.1420
     66     79   62.2    0.1428   0.2824      0.1420
     68     81   48.0    0.1431   0.2352      0.1420
     77     78   87.8    0.1422   0.6090      0.1420
     78     79   87.0    0.1424   0.3107      0.1420
     79     80   78.4    0.1425   0.2780      0.1420
     80     81   77.4    0.1427   0.2407      0.1420
     80     91  105.4    0.1424 1842.1575      0.1420
     82     83   38.9    0.1432   0.2020      0.1420
     82     93   65.2    0.1430   0.2157      0.1420
     91     92  121.2    0.1423 1842.5160      0.1420
     92     93   82.2    0.1427   0.8008      0.1420
     92    105  140.6    0.1423  29.6720      0.1420
     93     94   48.7    0.1429   0.1513      0.1420
     94    107   70.7    0.1428   0.2623      0.1420
    105    106   51.2    0.1422 155039.9688      0.1420
    106    107  118.5    0.1424 155036.0469      0.1420
    107    108   78.1    0.1425   0.2843      0.1420
    108    109   34.0    0.1426   0.1820      0.1420
    108    119   43.8    0.1424   0.1992      0.1420
    577    578   31.7    0.1425   0.1760      0.1420
    578    579   86.9    0.1423   0.2656      0.1420
    579    580  104.8    0.1421  35.8461      0.1420
    580    593  119.6    0.1423  35.8973      0.1420
    591    592   39.2    0.1428   0.1858      0.1420
    592    593   83.3    0.1426   0.3703      0.1420
    592    603   47.5    0.1428   0.2029      0.1420
    593    594   88.7    0.1423   1.2745      0.1420
    594    605   88.6    0.1425   0.9052      0.1420
    606    607   44.3    0.1424   0.1997      0.1420
    607    608  116.1    0.1422 1841.7378      0.1420
    608    621   96.9    0.1424 1841.7550      0.1420
    620    621   46.7    0.1427   0.1496      0.1420
    621    622   86.6    0.1424   0.3642      0.1420
    622    633   87.0    0.1425   0.3257      0.1420
    633    634   87.9    0.1427   0.3401      0.1420
    634    635  159.9    0.1423 155080.9219      0.1420
    634    647   90.8    0.1427   0.2942      0.1420
    635    636   40.1    0.1422 155134.9375      0.1420
    636    649  125.1    0.1423 108.0697      0.1420
    647    648   59.7    0.1428   0.2095      0.1420
    648    649   92.5    0.1427   0.5545      0.1420
    648    659   92.7    0.1431   0.1275      0.1420
    649    650   92.1    0.1424   0.5670      0.1420
    650    661   91.1    0.1424   0.1113      0.1420

Back Off! I just backed up step200b.pdb to ./#step200b.pdb.1#

Back Off! I just backed up step200c.pdb to ./#step200c.pdb.1#
Wrote pdb files with previous and current coordinates
Segmentation fault (core dumped)


输入文件：
md.mdp (1.16 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

2020-6-28 14:23 上传 Uploaded

点击下载
Click to download

请问该问题应如何解决， 谢谢

sobereva

控压和freeze一起用容易出问题
碰到不明的原因的时候先把问题简化，比如当前用了控压，就先不用控压
而且必须用压浴的时候，在体系达到平衡前不要用PR压浴
绝对不要用all-bonds。甭写continuation             = yes
至于其它mdp参数的合理性，不结合具体体系没法说

另见