ATB，GENFF以及PRODRG2网站生成的top文件求助

一个小瓜皮 · 发表于 Post on 2020-6-28 17:51:16

我想问下各位老师，ATB，GENFF以及PRODRG2网站是根据什么生成top文件，力场文件的呢？应该如何去验证生成文件的正确性呢？还有我从ATB下载的文件跑的模拟，发现盒子膨胀的很厉害，这正常么？会影响后续分析么？

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-28 18:50:36

ATB有期刊上发表的原文，看原文里的介绍
甭用prodrg，这里我也明确说了：
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）

只要被处理的体系不是稀奇古怪的而是普通有机体系，结果都没有问题，参数理想与否可以通过将模拟结果与已知的实验数据对照判断。膨胀很厉害，而且最终密度显著低于真实密度的话，较大可能是mdp设置不合理。

你原先的帖子标题不够具体，我把你的标题改了，以后注意。

一个小瓜皮 · 发表于 Post on 2020-6-28 19:33:03

我最终目的是为了粗粒化盐酸阿霉素，想用全原子和粗粒化作对比。我想问一下盒子大小会影响rdf分布（非峰值），回转半径，体系内团聚分子间的距离值等可以验证粗粒化的参数么？

一个小瓜皮 · 发表于 Post on 2020-6-28 22:13:27

衷心谢谢老师解答。

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-29 01:26:25

一个小瓜皮发表于 2020-6-28 19:33
我最终目的是为了粗粒化盐酸阿霉素，想用全原子和粗粒化作对比。我想问一下盒子大小会影响rdf分布（非峰值 ...

可后半句有语病

xxzj · 发表于 Post on 2021-7-19 21:23:27

本帖最后由 xxzj 于 2021-7-20 09:54 编辑

sobereva 发表于 2020-6-28 18:50
ATB有期刊上发表的原文，看原文里的介绍
甭用prodrg，这里我也明确说了：
几种生成有机分子GROMACS拓扑文 ...

老师，图贴到下面了，关于ATB中每项都进行了查看，itp和pdb文件都正常，但是没有得到可以用的top文件，下图中有topology文件，但是不能使用，如左图第一个，所以，想请教老师，是需要转化吗，还是怎么得到最终的最后一个图？

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-19 22:12:13

xxzj 发表于 2021-7-19 21:23
老师，想请问ATB中如何得到可以用的top文件，下图中有topology文件，但是不能使用，如右图，所以，想请教 ...

没贴图

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