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[GROMACS] 求助如何批量删除gro中特定位置的分子

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我在创建一个内含水分子的碳纳米管的体系时,发现有小部分水分子跑到了管的外面,请问如何将其选中并删除?直接在gro文件里找坐标感觉过于麻烦且速度慢

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发表于 Post on 2020-6-28 22:01:55 | 只看该作者 Only view this author
最好你的纳米管是平行于某个轴的。善用VMD的选区即可实现。把选区里的原子在保存成新的坐标文件就行。

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发表于 Post on 2020-6-28 23:48:52 | 只看该作者 Only view this author
file - save coordinate的时候恰当写上选择语句扣除掉外部的分子,语法参考
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html
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