gromacs安装问题

961106 · 发表于 Post on 2020-6-29 10:49:54

老师您好，我现在想把我的gromacs2018.4升级到2019.6，有几个问题想请教一下
1.gromacs2018.4需要先卸载吗？
2.我的两块gpu是GTX2070super和GTX2080,cuda版本是10.2，我看官网最新的cuda版本是11.0，我需要将cuda更新吗
3.我看您的博文里提到fftw可以用3.3.8，那cmake应该用什么版本呢？
问题有点多，谢谢老师

naoki · 发表于 Post on 2020-6-29 10:58:34

1.不用卸载
2.cuda要不是不兼容了最好别折腾。。cuda10.2兼容gromacs2019.6
3.cmake不兼容了再更新吧不用频繁折腾

961106 · 发表于 Post on 2020-6-29 14:33:40

naoki 发表于 2020-6-29 10:58
1.不用卸载
2.cuda要不是不兼容了最好别折腾。。cuda10.2兼容gromacs2019.6
3.cmake不兼容了再更新吧不用 ...

谢谢老师赐教！我还有一个问题想请教您，如果不卸载旧版本，那么新版本安装不会冲突吗？谢谢老师！

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-29 19:16:32

961106 发表于 2020-6-29 14:33
谢谢老师赐教！我还有一个问题想请教您，如果不卸载旧版本，那么新版本安装不会冲突吗？谢谢老师！

没有任何影响。编译过程是在当前gmx版本目录下编译的，不受之前版本影响。只不过装完之后把.bashrc文件里的GMXRC文件的路径改一下就完了

xiaoche · 发表于 Post on 2024-1-28 15:15:46

sobereva 发表于 2020-6-29 19:16
没有任何影响。编译过程是在当前gmx版本目录下编译的，不受之前版本影响。只不过装完之后把.bashrc文件里 ...

卢老师，我们单位之前在服务器上装的是mpi版本的gromacs2018.3。因为服务器是单节点的，所以我就想安装有一个单机的gromacs2018.8版本，按您的《GROMACS的安装方法》教程编译安装并修改了环境变量后，gmx和gmx_mpi都变成了command not found。想请教一下您这是什么原因呢？应该如何解决呢？谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2024-1-29 04:25:29

xiaoche 发表于 2024-1-28 15:15
卢老师，我们单位之前在服务器上装的是mpi版本的gromacs2018.3。因为服务器是单节点的，所以我就想安装有 ...

把之前2018.3删了
确保路径正确，恰当source了GMXRC，仔细一个字一个字阅读博文

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[GROMACS] gromacs安装问题

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