请问如何搭建MOF，钙钛矿等框架用于分子动力学模拟

望月凝香

最近在帮一个同学做关于2D钙钛矿模拟的课题，除了对得到的晶体结构为基础做一般量化计算和第一性原理外，也考虑搭建框架后使用分子动力学模拟预测铵阳离子(RNH3+)在晶格中取向的分布，特别是当R是带有手性的基团的时候。
粗略搜索后，发现这个思路主要是通过MS实现，但是无论我俩谁的课题组都没有购买MS，于是我想知道是否可以通过gromacs较为方便得实现？
大致要求就是，对于A2MX4经验分子式的2D钙钛矿，层内[MX6]八面体的尺寸变化不大可参考类似晶体的数据，但是层间距可能有较大变化；同时铵阳离子A(R*NH3+)的R*可以较为自由得转动，靠静电作用和带负点的[MX6]八面体层吸引。通过分子动力学模拟，取得A在层间排列的取向原则，用于进一步的第一性原理和量化计算。
谢谢！