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[GROMACS] 为什么NO3-离子和水分子间的rdf的结果看起来不合理

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我模拟了一个硝酸根离子在水溶液中的体系,提取NO3-离子和水分子的rdf的结果如图,为什么第一个峰的高度比后面的还要低啊,感觉不合理,请问产生的可能原因是什么呢

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发表于 Post on 2020-7-1 20:01:12 | 只看该作者 Only view this author
你得说清楚rdf具体怎么做的,是NO3里所有原子与水的所有原子的,还是特定某个原子间的,还是两类分子质心的,差异会很大。

结合实际rdf类型和轨迹中两类分子的实际接触方式去分析

实在想不明白的时候可结合空间分布函数讨论,例如水-水的O...H的rdf


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-2 16:24:02 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师的解答。上面那张图片我画的是NO3-的所有原子和水分子的所有原子的rdf。我重新定义了索引文件,画了硝酸根里面的N原子和水中的O的rdf,结果和文献一样了。请问是不是画rdf的时候选择特定的原子和原子会比较合理呀?一般怎么选取好呢?还有一个问题,您给的图后两个峰表示第一配位层和第二配位层。那0.1位置处第一个峰表示什么呢?

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发表于 Post on 2020-7-7 05:11:22 | 只看该作者 Only view this author
邱美佳 发表于 2020-7-2 16:24
谢谢sob老师的解答。上面那张图片我画的是NO3-的所有原子和水分子的所有原子的rdf。我重新定义了索引文件, ...

算什么样的rdf看你目的
你也完全可以在一篇文章里给出不同原子间的rdf,比如考察纯水你可以同时给出H-H、O-O、O-H的。另外对于原子间作用不关注的话,分子质心间的rdf也可以考察

0.1 nm那个是水的氧与这个水自己的氢的rdf,正好是O-H键长
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