求助gromacs做npt模拟时压强错误

zhangzh · 发表于 Post on 2020-7-8 01:57:20

我在给体系做npt模拟时，发现模拟过程中压力一直波动极大，请问是我的mdp参数设置的问题吗？如何修改

npt.mdp (2.37 KB, 下载次数 Times of downloads: 62)

cb6_sese_ions.gro (422.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)
附件是输入文件和所模拟的体系

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-8 02:10:14

根本没有错误，非常正常
甭管瞬间压力，只需要关注平均压力

zhangzh · 发表于 Post on 2020-7-8 14:37:38

sobereva 发表于 2020-7-8 02:10
根本没有错误，非常正常
甭管瞬间压力，只需要关注平均压力

平均值也是不正确的，最后的平均值甚至小于0，请问应该怎么办？

zhangzh · 发表于 Post on 2020-7-9 01:06:34

sobereva 发表于 2020-7-8 02:10
根本没有错误，非常正常
甭管瞬间压力，只需要关注平均压力

Last energy frame read 800 time  800.000

Statistics over 400001 steps [ 0.0000 through 800.0000 ps ], 1 data sets
All statistics are over 4001 points

Energy                   Average Err.Est.    RMSD  Tot-Drift
-------------------------------------------------------------------------------
Pressure                   1.6972       3 256.988 -18.5548  (bar)

我模拟到0.8ns了，发现平均值依然没有到1，而且400ps以后一直到800s的压强平均值就变成了负的：
Last energy frame read 800 time  800.000

Statistics over 200001 steps [ 400.0000 through 800.0000 ps ], 1 data sets
All statistics are over 2001 points

Energy                   Average Err.Est.    RMSD  Tot-Drift
-------------------------------------------------------------------------------
Pressure                -3.53879       2 133.627 -3.4011  (bar)

请问是哪里出错了吗？除了时长其他的都没有改变

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-9 05:34:34

zhangzh 发表于 2020-7-9 01:06
Last energy frame read 800 time 800.000

Statistics over 400001 steps [ 0.0000 throug ...

平均值轻微偏离ref_p没什么异常。波动程度这么大，平均值偏离一点显然是很正常的事

一起搞科研 · 发表于 Post on 2020-8-13 00:08:30

sobereva 发表于 2020-7-9 05:34
平均值轻微偏离ref_p没什么异常。波动程度这么大，平均值偏离一点显然是很正常的事

老师，我选择 ref_p = 1.0 运行npt后的结果如下
Last energy frame read 100 time  100.000
Statistics over 50001 steps [ 0.0000 through 100.0000 ps ], 1 data sets
All statistics are over 501 points

Energy                   Average Err.Est.    RMSD  Tot-Drift
------------------------------------------------------------------------------
Pressure                0.487646       4 131.838 -6.54871  (bar)
老师，我也遇到类似的问题，于是产生了三个疑问？
问题一：您说平均值偏离一点问题不大，那么怎么其判断偏离是否过大？
问题二：这样的结果是否可以接着用下去？
问题三：怎样可以使得平均压力更接近设定的ref_p?
恳请老师解答，非常感谢。
下面是我运行npt的mdp文件。

sobereva · 发表于 Post on 2020-8-13 09:37:07

一起搞科研发表于 2020-8-13 00:08
老师，我选择 ref_p = 1.0 运行npt后的结果如下
Last energy frame read 100 time 100.000
Statistics ...

1 一般没必要关注压力的波动程度，没有整体的变化就行了。而且体系越小波动越厉害

2 可以

3 没必要做任何改进。本来凝聚相体系压力的波动幅度就是非常大的，平均值稍微偏离1.0没有任何异常、也不导致任何问题

一起搞科研 · 发表于 Post on 2020-8-13 19:08:16

sobereva 发表于 2020-8-13 09:37
1 一般没必要关注压力的波动程度，没有整体的变化就行了。而且体系越小波动越厉害

2 可以

好的谢谢老师解答。非常感谢。

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