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[Amber] 求助amber使用“saveamberparm”保存文件时出现问题

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amber使用“ saveamberparm”保存文件时,就会发生这种情况,请问如何解决此类状况,谢谢解答

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发表于 Post on 2020-7-9 21:11:08 | 只看该作者 Only view this author
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发表于 Post on 2020-7-10 04:23:29 | 只看该作者 Only view this author
缺少Cl-原子类型参数
本身AMBER力场只有Cl原子类型而没有Cl-
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2020-7-10 10:20:10 | 只看该作者 Only view this author
看一下你pdb里是不是原子名写的是CL-,这个第三列改成Cl,最后一列是Cl-
ATOM      1  Cl  ALA     2       7.968  -8.162  41.767  0.14 14.00           Cl-
上海交通大学计算化学与分子生物信息学实验室
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-10 15:24:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-10 04:23
缺少Cl-原子类型参数
本身AMBER力场只有Cl原子类型而没有Cl-

十分感谢  source了离子力场,已经解决

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-10 15:25:11 | 只看该作者 Only view this author
DoubeeTwT 发表于 2020-7-10 10:20
看一下你pdb里是不是原子名写的是CL-,这个第三列改成Cl,最后一列是Cl-
ATOM      1  Cl  ALA     2        ...

谢谢 因为之前没有遇到过此类问题 这是因为没有source离子力场

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-10 15:25:36 | 只看该作者 Only view this author
八月的雨季 发表于 2020-7-9 21:11
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谢谢 已经解决

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