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[综合交流] 二聚体HF中怎么看其中的一个单体HF的偶极矩方向?

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请问在二聚体hf中怎么看其中的一个单体hf的偶极矩方向呢?我想看的是hf在复合物状态下的偶极矩方向,谢谢老师。

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发表于 Post on 2015-10-4 04:32:55 | 只看该作者 Only view this author
在复合物状态下首先就没法严格定义单体的偶极矩。要算只能在单体下计算,把另一个单体删掉,或者用背景电荷或者用GAMESS-US支持的FEP(片段有效势)表现。要么就基于原子电荷之类计算,相当于从复合物中来划分出片段,但这时候结果也没什么严格意义,因为由于电荷转移,HF的净电荷不会为0,偶极矩将是依赖于原点的选择的。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-10-4 07:38:20 | 只看该作者 Only view this author
我是在单体下算的,把另一个单体删掉,用单体在复合物中得结构作为分子坐标做单点能计算,从得到的输出文件看偶极矩方向,这样 做正确吗?谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-10-4 09:44:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-10-4 04:32
在复合物状态下首先就没法严格定义单体的偶极矩。要算只能在单体下计算,把另一个单体删掉,或者用背景电荷 ...

我是在单体下算的,把另一个单体删掉,用单体在复合物中得结构作为分子坐标做单点能计算,从得到的输出文件看偶极矩方向,这样 做正确吗?谢谢老师

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发表于 Post on 2015-10-4 12:12:17 | 只看该作者 Only view this author
小菜鸟求关照 发表于 2015-10-4 09:44
我是在单体下算的,把另一个单体删掉,用单体在复合物中得结构作为分子坐标做单点能计算,从得到的输出文 ...

对,别忘了用nosymm
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-10-4 16:47:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-10-4 12:12
对,别忘了用nosymm

有时候用了nosymm之后偶极矩方向的坐标和分子坐标不在一起,怎么让它们重合呢?谢谢老师

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发表于 Post on 2015-10-4 18:17:13 | 只看该作者 Only view this author
小菜鸟求关照 发表于 2015-10-4 16:47
有时候用了nosymm之后偶极矩方向的坐标和分子坐标不在一起,怎么让它们重合呢?谢谢老师

什么叫不在一起?偶极矩就是个矢量,没有什么在不在一起这说
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-10-4 18:54:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-10-4 18:17
什么叫不在一起?偶极矩就是个矢量,没有什么在不在一起这说

就是偶极矩这个矢量的原点和单体分子坐标的原点不在一处,例如

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发表于 Post on 2015-10-5 03:09:03 | 只看该作者 Only view this author
小菜鸟求关照 发表于 2015-10-4 18:54
就是偶极矩这个矢量的原点和单体分子坐标的原点不在一处,例如

charge distribution的界面里,有个Origin框,你选成比如质心就行了。默认是笛卡尔坐标原点为起点。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-10-5 13:20:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-10-5 03:09
charge distribution的界面里,有个Origin框,你选成比如质心就行了。默认是笛卡尔坐标原点为起点。

谢谢老师

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