第一性原理分子动力学模拟化学反应求助

303103263 · 发表于 Post on 2020-7-15 10:16:46

最近在计算两分子体系，发现有的体系在优化的时候就会出现旧键的断裂和新键的生成，这表明其发生了化学反应。但大多数体系还是保持原来的结构。我的理解是大多数体系能够维持原来的结构是其处在体系的势能低点，但实际上有体系还有许多其他能量更低的势能低点（代表不同的反应产物）, 如果给体系做动力学模拟的话能够克服这些势能低点之间的势垒从而搜索到可能的反应产物。第一性原理分子动力学（AIMD）应该能够办到，但高斯似乎没有内嵌的AIMD模块，不知有哪位同学做过这方面的研究，可以交流一下

苏玖染 · 发表于 Post on 2020-7-15 13:14:19

cp2k好一些

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-15 20:08:32

Gaussian明明就能做AIMD，BOMD和ADMP都有，发言前应当先调查清楚
AIMD=abinitio molecular dynamics，这叫从头算动力学，不叫第一性原理分子动力学。

优化的时候“出现旧键的断裂和新键的生成”明显说明你的初始结构太烂了
动力学也不是探索化学反应体系化学空间的唯一做法，有诸多其它方法可以用，诸如GSM、GRRM等，专门为解决这种问题设计。多数情况下，如果不做一些特殊的驱动、引入特殊的手段（如metadynamics），盲目地做动力学的采样效率极低。

303103263 · 发表于 Post on 2020-7-16 10:33:20

sobereva 发表于 2020-7-15 20:08
Gaussian明明就能做AIMD，BOMD和ADMP都有，发言前应当先调查清楚
AIMD=abinitio molecular dynamics，这叫 ...

谢谢大佬，我再调研下你说的几种方法适不适合我研究的问题

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[综合交流] 第一性原理分子动力学模拟化学反应求助

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