Gromacs做甲苯与水的两相体系NVT平衡时问题

孙宝刚 · 发表于 Post on 2020-7-17 15:48:10

我做的是一个有机分子在甲苯与水的两相体系界面体系如图，在做NPT时两相混成一团并且没有占满盒子如图。请问老师这是哪里出错了，top文件与NVT的mdp文件如下

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-7-17 17:03:27

下面是水吗？你这个是建模的问题，两相密度不对，所以平衡之后水会聚集，接近实验密度，造成真空

没有特殊情况不要无缘无故的跑NVT系综，这种两相的问题明显应该用NP(z)T系综，保持XY的面积不变，在Z轴保证压强

孙宝刚 · 发表于 Post on 2020-7-17 18:53:20

fhh2626 发表于 2020-7-17 17:03
下面是水吗？你这个是建模的问题，两相密度不对，所以平衡之后水会聚集，接近实验密度，造成真空

没有特 ...

对的我用的packmol建模，500个水分子500个甲苯分子。我看都是先跑NVT再跑NPT。您的意思是我这个体系直接做NPT平衡就可以吗？还有控制XY面积不变只在Z方向改变压强的命令怎么设置呢。非常感谢您！

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-18 10:29:03

甭盲目效仿别人，搞清楚每一步都有什么实际意义，不该做的别做。当前问题做NVT从原理上就知道毫无意义，盒子尺寸、体系密度都和实际不符，跑NVT有什么用
X、Y方向可压缩系数设为0就完了

孙宝刚 · 发表于 Post on 2020-7-18 11:46:48

sobereva 发表于 2020-7-18 10:29
甭盲目效仿别人，搞清楚每一步都有什么实际意义，不该做的别做。当前问题做NVT从原理上就知道毫无意义，盒 ...

请问Sob老师什么情况下不做NVT呢。还有压强控制xy方向压缩系数设为0是 semiisotropic = x/y 这样设置吗。新手上路请老师多多指点

naoki · 发表于 Post on 2020-7-18 15:20:54

sobereva 发表于 2020-7-18 10:29
甭盲目效仿别人，搞清楚每一步都有什么实际意义，不该做的别做。当前问题做NVT从原理上就知道毫无意义，盒 ...

请教一下sob老师，为什么xy方向可压缩系数要设为0呀

bobosiji · 发表于 Post on 2020-7-19 08:15:15

naoki 发表于 2020-7-18 15:20
请教一下sob老师，为什么xy方向可压缩系数要设为0呀

因为xy方向的尺寸要不变，只变化z尺寸

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-19 12:39:04

孙宝刚发表于 2020-7-18 11:46
请问Sob老师什么情况下不做NVT呢。还有压强控制xy方向压缩系数设为0是 semiisotropic = x/y 这样设置吗 ...

不知道为什么做NVT的时候就一律不做。本来NPT才接近于真实情况
非要用NVT一般就是为了保持体系特定的密度、保持真空区、算MSD的时候避免盒子尺寸波动影响数据等等。

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