求助向体系中加入离子

孙宝刚 · 发表于 Post on 2020-7-21 10:41:31

老师我想向体系中加入离子，如Ni2+离子，怎么加入Ni2+离子的itp呢，还有都需要修改哪些参数呢（我认为是在ffnonbonded.itp中加入一些参数，但是这些参数从哪里获得呢）。新手上路请老师指点。

孙宝刚 · 发表于 Post on 2020-7-21 21:53:34

向体系中加入未定义的离子必须要从参考文献中找吗而且体系必须一模一样。

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-21 21:55:19

Merz发表过Ni2+的12-6形式的参数，见dx.doi.org/10.1021/ct400146w
在ffnonbonded.itp里增加原子类型并定义范德华参数，并且在ions.itp里效仿已有的内容增加个Ni2+对应的moleculetype。之后只要include了ions.itp和这个力场的forcefield.itp，体系就可以有Ni2+离子。

孙宝刚 · 发表于 Post on 2020-7-21 21:59:39

sobereva 发表于 2020-7-21 21:55
Merz发表过Ni2+的12-6形式的参数，见dx.doi.org/10.1021/ct400146w
在ffnonbonded.itp里增加原子类型并定 ...

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