请问怎么跑蛋白的隐式溶剂模型？

黑色幽默pxj

大家好，请问蛋白中如果有金属原子，还能用隐式溶剂模型进行能量最小化吗？以及后面的生成tpr文件？我在跑隐式溶剂的时候老是报错

Velocities were taken from a Maxwell distribution at 500 K

GB parameter(s) missing or negative for atom type 'MG'

GB parameter(s) missing or negative for atom type 'CAL'

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Program gmx grompp, VERSION 5.1.2
Source code file: /export/src/gromacs-5.1.2/src/gromacs/gmxpreprocess/grompp.c, line: 1303

Fatal error:
Can't do GB electrostatics; the implicit_genborn_params section of the forcefield is missing parameters for 2 atomtypes or they might be negative.


请问遇到这种情况需要怎么解决呢？ 需要把金属原子先去除吗？ 谢谢大家

sobereva

只有gb.itp或gbsa.itp里定义了GB参数的原子类型才能用GB模型，没有的话要么自己找参数补，要么就别用，或者去掉金属原子也行（如果金属原子只是起到抗衡离子作用，用GB模型时不是必须的）