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楼主 Author: sobereva
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[Quantum ESPRESSO] Quantum ESPRESSO在Linux下的安装方法

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发表于 Post on 2020-10-29 23:42:00 | 只看该作者 Only view this author
感谢社长的回复!今天检查了一下,编译完成之后的目录中,有bin目录,但是bin 目录下没有可执行文件,是空的,之前没有注意到这个问题。我是按照社长帖子里面,从第一步一直搞下来的,到了QE编译的时候出问题了。

3.png (45.8 KB, 下载次数 Times of downloads: 91)

编译QE-2

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编译QE-1

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安装Openmpi后

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发表于 Post on 2020-10-30 10:51:38 | 只看该作者 Only view this author
BCS 发表于 2020-10-29 20:46
大家好,我是按照社长帖子的第六节直接安装的QE,用 mpirun -n 4 pw.x_openmpi < pwscf.in运行测试文件 ...

你这有个 error opening.....  是不是输入文件有误??用测试文件试试

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发表于 Post on 2020-10-30 10:53:05 | 只看该作者 Only view this author
tanyazhi 发表于 2020-10-29 23:42
感谢社长的回复!今天检查了一下,编译完成之后的目录中,有bin目录,但是bin 目录下没有可执行文件,是空 ...

我也是这个问题,./configure是 success的,但是make all弄出来的就是bin的空目录。。。

不过我试了QE65是可以的,QE66就装不上。。。你解决了么?

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发表于 Post on 2020-10-30 15:58:17 | 只看该作者 Only view this author
renzhogn424 发表于 2020-10-30 10:51
你这有个 error opening.....  是不是输入文件有误??用测试文件试试

谢谢,我弄好了,是我路径之前搞错了

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发表于 Post on 2020-10-30 16:32:58 | 只看该作者 Only view this author
BCS 发表于 2020-10-30 15:58
谢谢,我弄好了,是我路径之前搞错了

什么的路径、
是  ./configure配置的时候带上了  --prefix=/XXX/qe66  没 ??

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发表于 Post on 2020-10-30 17:32:40 | 只看该作者 Only view this author
renzhogn424 发表于 2020-10-30 16:32
什么的路径、
是  ./configure配置的时候带上了  --prefix=/XXX/qe66  没 ??

我是用yum直接安装的,装好后好像是运行测试文件的时候,进入的目录不对,具体是因为什么错误这个我也不清楚,就试着试着就成功了,我再仔细看看。

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发表于 Post on 2020-10-30 21:08:38 | 只看该作者 Only view this author
renzhogn424 发表于 2020-10-30 10:53
我也是这个问题,./configure是 success的,但是make all弄出来的就是bin的空目录。。。

不过我试了QE ...

qe6.5和qe6.6我都试过了,都不行,编译之后的bin目录都是空的

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发表于 Post on 2020-10-31 09:56:24 | 只看该作者 Only view this author
BCS 发表于 2020-10-30 17:32
我是用yum直接安装的,装好后好像是运行测试文件的时候,进入的目录不对,具体是因为什么错误这个我也不 ...

yum只能装到qe65,好像目录是  /usr/lib64/openmpi/bin/,之前我也是这么用的。。

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发表于 Post on 2020-10-31 09:57:24 | 只看该作者 Only view this author
tanyazhi 发表于 2020-10-30 21:08
qe6.5和qe6.6我都试过了,都不行,编译之后的bin目录都是空的

握手。。。qe65后面我折腾得装上了。。。
好像我用gcc和icc都装成过。。。不行你试试装上intel编译器安装看看。。。

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发表于 Post on 2020-10-31 14:39:13 | 只看该作者 Only view this author
renzhogn424 发表于 2020-10-31 09:57
握手。。。qe65后面我折腾得装上了。。。
好像我用gcc和icc都装成过。。。不行你试试装上intel编译器安 ...

1、按照社长的教程,目前已经成功安装qe6.5,后期准备再试一下qe6.6,root账户和普通账户都可以安装成功,使用OpenMPI 4.0.5版本,下载日期2020.10.26,链接都是社长帖子里面的;
2、之前按照社长的帖子已经成功安装g16和VASP5.4.1,安装VASP时,安装了parallel_studio_xe_2019_update1_cluster_edition.tgz。两个程序经过测试正常运行;
3、因为先安装的VASP,所以在安装qe6.5时,先要在~/.bashrc中注释掉intel的相关内容;
4、在编译qe6.5时,使用make all install -j命令,bin目录中没有可执行文件,可以确定的是Openmpi相关内容安装没有问题,在普通账户和root账户使用make all install -j命令编译,已经指定了生成bin文件的目录,但是在bin目录下都不会生成可执行文件或者说不知道生成的可执行文件放在了哪里(后面会说到);
5、查阅相关资料和与其他程序员请教,如果项目的Makefile不规范,没有设置好依赖关系,并行编译的结果就是编译不能正常进行或者编译失败;
6、重新安装qe6.5,先使用make all install -j命令,跟之前效果一样,bin 目录中依然没有可执行文件,然后再使用make all install 命令进行编译,约3-5S就可以完成编译,此时bin 目录中就会存在可执行文件(感觉应该是make all install -j命令已经编译完成,但是可执行文件没有放到指定的目录下或者其他原因,否则执行make all install 命令后,不可能这么快编译生成那么多可执行文件);
7、经过测试,qe6.5可以正常运行,没有问题;
8、卸载qe6.5,重新安装编译,直接使用make all install 命令进行编译,几分钟之后,编译完成,指定bin目录下会生成大量可执行文件,测试,正常运行;
9、make all install -j带一个参数-j,项目可以进行并行编译,例如make -j4,让make最多允许4个编译命令同时执行,不知道什么原因,我这电脑不支持并行编译还是设置错误或者其它原因,并行编译没有成功,后续会进行相关研究测试,感兴趣的朋友可以自行谷歌;
10、安装环境:笔记本CPU,4核心8线程机器,内存8G,CentOS7.6,先在这个笔记本上安装,后期安装到已有服务器上;
11、感谢社长和renzhogn424以及其他朋友提供的帮助,感谢社长的计算化学公社平台,希望能帮到有需要的朋友。

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发表于 Post on 2020-11-1 15:55:43 | 只看该作者 Only view this author
renzhogn424 发表于 2020-10-31 09:56
yum只能装到qe65,好像目录是  /usr/lib64/openmpi/bin/,之前我也是这么用的。。

好像是我把那个测试文件diamond移到了目录/usr/lib64/openmpi/bin里,然后直接在这个目录下运行,就会报错

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发表于 Post on 2020-11-14 09:27:17 | 只看该作者 Only view this author
QE用intelmpi+mkl,相对容易。运行效率也高些吧。

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发表于 Post on 2021-4-14 11:07:03 | 只看该作者 Only view this author
qiu ifortimpi+qe6.5

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发表于 Post on 2021-5-31 15:58:07 | 只看该作者 Only view this author
我安装了qe-6.7,按照社长的教程逐步进行。openmpi之前安装orca的时候就用过,版本应该是openmpi3.1.4.接着 安装MKL库,显示成功。最后按照步骤编译QE。为什么最后qe下文件夹bin里是空的呢?没有可执行文件。

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发表于 Post on 2021-5-31 22:35:14 | 只看该作者 Only view this author
annaqz 发表于 2021-5-31 15:58
我安装了qe-6.7,按照社长的教程逐步进行。openmpi之前安装orca的时候就用过,版本应该是openmpi3.1.4.接着 ...

gcc版本过低会导致6.7失败,可以尝试安装6.5。或者使用intel编译器安装6.7
我唯一知道的就是我一无所知,但我是化学小迷弟

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