计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Quantum ESPRESSO] Quantum ESPRESSO在Linux下的安装方法

  [复制链接 Copy URL]

68

帖子

0

威望

1823

eV
积分
1891

Level 5 (御坂)

46#
发表于 Post on 2021-6-2 10:11:06 | 只看该作者 Only view this author
ChemG 发表于 2021-5-31 22:35
gcc版本过低会导致6.7失败,可以尝试安装6.5。或者使用intel编译器安装6.7

好的,谢谢我再试试

67

帖子

0

威望

309

eV
积分
376

Level 3 能力者

47#
发表于 Post on 2021-9-8 18:02:39 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 hitvip 于 2021-9-8 20:16 编辑

卢老师,作为初学者,还是想弱弱地问下, -j 后面是不是省略了机器的cpu核数或 all ? 谢谢!

  1. make all install -j
复制代码

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112349

管理员

公社社长

48#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-8 23:15:53 | 只看该作者 Only view this author
hitvip 发表于 2021-9-8 18:02
卢老师,作为初学者,还是想弱弱地问下, -j 后面是不是省略了机器的cpu核数或 all ? 谢谢!

-j后面不写核数默认用所有核并行编译
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

67

帖子

0

威望

309

eV
积分
376

Level 3 能力者

49#
发表于 Post on 2021-9-9 07:58:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-8 23:15
-j后面不写核数默认用所有核并行编译

非常感谢卢老师的耐心解答 :)

61

帖子

0

威望

351

eV
积分
412

Level 3 能力者

50#
发表于 Post on 2021-9-30 15:01:37 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 huyongxin 于 2021-9-30 17:01 编辑

社长,我按照你的方法,安装之后,测试的时候报错如下,我是用open_MPI4.0.3和QE6.5的。--------------------------------------------------------------------------
As of version 3.0.0, the "sm" BTL is no longer available in Open MPI.

Efficient, high-speed same-node shared memory communication support in
Open MPI is available in the "vader" BTL.  To use the vader BTL, you
can re-run your job with:

    mpirun --mca btl vader,self,... your_mpi_application
--------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------
A requested component was not found, or was unable to be opened.  This
means that this component is either not installed or is unable to be
used on your system (e.g., sometimes this means that shared libraries
that the component requires are unable to be found/loaded).  Note that
Open MPI stopped checking at the first component that it did not find.

Host:      cluster.hpc.org
Framework: btl
Component: sm
--------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------
It looks like MPI_INIT failed for some reason; your parallel process is
likely to abort.  There are many reasons that a parallel process can
fail during MPI_INIT; some of which are due to configuration or environment
problems.  This failure appears to be an internal failure; here's some
additional information (which may only be relevant to an Open MPI
developer):

  mca_bml_base_open() failed
  --> Returned "Not found" (-13) instead of "Success" (0)
--------------------------------------------------------------------------
[cluster:11691] *** An error occurred in MPI_Init_thread
[cluster:11691] *** reported by process [2847342593,0]
[cluster:11691] *** on a NULL communicator
[cluster:11691] *** Unknown error
[cluster:11691] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (processes in this communicator will now abort,
[cluster:11691] ***    and potentially your MPI job)
[cluster.hpc.org:11686] PMIX ERROR: UNREACHABLE in file server/pmix_server.c at line 2198
[cluster.hpc.org:11686] PMIX ERROR: UNREACHABLE in file server/pmix_server.c at line 2198
[cluster.hpc.org:11686] 3 more processes have sent help message help-mpi-btl-sm.txt / btl sm is dead
[cluster.hpc.org:11686] Set MCA parameter "orte_base_help_aggregate" to 0 to see all help / error messages
[cluster.hpc.org:11686] 3 more processes have sent help message help-mca-base.txt / find-available:not-valid
[cluster.hpc.org:11686] 3 more processes have sent help message help-mpi-runtime.txt / mpi_init:startup:internal-failure
[cluster.hpc.org:11686] 3 more processes have sent help message help-mpi-errors.txt / mpi_errors_are_fatal unknown handle

5

帖子

0

威望

118

eV
积分
123

Level 2 能力者

51#
发表于 Post on 2021-10-21 18:09:56 | 只看该作者 Only view this author
望月凝香 发表于 2020-7-23 07:02
试图按照课长做法安装QE,结果在configure这步就报错,请问如何解决?谢谢!

您好,请问您是如何解决的呢,我也遇到了一模一样的问题,非常感谢!

104

帖子

0

威望

3049

eV
积分
3153

Level 5 (御坂)

被催的人

52#
发表于 Post on 2021-12-6 22:00:23 | 只看该作者 Only view this author
话说卢老师能不能针对Quantum ESPRESSO软件的常见功能(FPMD、晶胞优化、几何优化、声子计算等。)也开发一个类似于《使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件》的功能啊,用惯了CP2K和VASP再看QE感觉非常别扭……

1632

帖子

4

威望

4088

eV
积分
5800

Level 6 (一方通行)

喵星人

53#
发表于 Post on 2021-12-6 23:48:53 | 只看该作者 Only view this author
wth1219 发表于 2021-12-6 22:00
话说卢老师能不能针对Quantum ESPRESSO软件的常见功能(FPMD、晶胞优化、几何优化、声子计算等。)也开发一 ...

QE其实也就是几套模板改改改呗,VASP用Vaspkit可以生成输入文件,CP2K可以用Multiwfn,QE目前那个Burai已经废了,基本就只能自己改改模板了。不过讲道理QE的输入文件比VASP舒服多了,至少不用准备4个

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112349

管理员

公社社长

54#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-7 04:38:01 | 只看该作者 Only view this author
wth1219 发表于 2021-12-6 22:00
话说卢老师能不能针对Quantum ESPRESSO软件的常见功能(FPMD、晶胞优化、几何优化、声子计算等。)也开发一 ...

目前没这个打算,但不排除以后加入
目前最新版本Multiwfn对QE能做的只有产生一个带坐标的标准任务的输入文件(主功能100的子功能2里),没有可控选项
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

135

帖子

0

威望

1549

eV
积分
1684

Level 5 (御坂)

55#
发表于 Post on 2021-12-7 10:20:08 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2021-12-6 23:48
QE其实也就是几套模板改改改呗,VASP用Vaspkit可以生成输入文件,CP2K可以用Multiwfn,QE目前那个Burai已 ...

Burai看起来还行吧,最近在研究用它生成输入文件,它为啥废了啊 ??

14

帖子

0

威望

27

eV
积分
41

Level 2 能力者

56#
发表于 Post on 2021-12-7 13:12:41 | 只看该作者 Only view this author
谢谢楼主分享的经验!不过,我发现用intel的mpi 加上icc编译的QE会更快一点点。

689

帖子

2

威望

4101

eV
积分
4830

Level 6 (一方通行)

57#
发表于 Post on 2021-12-24 16:15:16 | 只看该作者 Only view this author
wth1219 发表于 2021-12-6 22:00
话说卢老师能不能针对Quantum ESPRESSO软件的常见功能(FPMD、晶胞优化、几何优化、声子计算等。)也开发一 ...

可以用cif2qe

78

帖子

0

威望

3304

eV
积分
3382

Level 5 (御坂)

58#
发表于 Post on 2021-12-24 16:48:09 | 只看该作者 Only view this author
wth1219 发表于 2021-12-6 22:00
话说卢老师能不能针对Quantum ESPRESSO软件的常见功能(FPMD、晶胞优化、几何优化、声子计算等。)也开发一 ...

+1,QE的GUI里Burai算是比较成熟的,但好久没更新了,有些功能也没集成进去

300

帖子

6

威望

2711

eV
积分
3131

Level 5 (御坂)

59#
发表于 Post on 2021-12-24 22:52:32 | 只看该作者 Only view this author
wth1219 发表于 2021-12-6 22:00
话说卢老师能不能针对Quantum ESPRESSO软件的常见功能(FPMD、晶胞优化、几何优化、声子计算等。)也开发一 ...

http://bbs.keinsci.com/thread-20166-1-1.html

104

帖子

0

威望

3049

eV
积分
3153

Level 5 (御坂)

被催的人

60#
发表于 Post on 2021-12-25 11:43:08 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2021-12-6 23:48
QE其实也就是几套模板改改改呗,VASP用Vaspkit可以生成输入文件,CP2K可以用Multiwfn,QE目前那个Burai已 ...

我用的CP2K输入文件是课题组祖传的,VASP用的就是Vaspkit生成的、还比较方便;QE的那个一言难尽,感觉还不如自己参考各种资料拼凑出来一个,就是需要添加命令的时候需要去翻“Input File Description”,加得还不一定对……

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-23 05:07 , Processed in 0.220618 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list