已具有真空层的结构，请问怎样更改真空层的方向

风飞 · 发表于 Post on 2020-7-26 11:19:29

老师，
      搭建了一个异质结构，如图，该结构的正空层是在Z方向上（黑色边框），现在想把真空层改为红色边框的方向，我尝试在MS中将周期性去掉，黑色边框没了，但是也不能重新建真空层
            因为我想在蓝色的地方放吸附的分子，所以想改变真空层的方向

      请问可以怎样处理呢？或者请问怎样搭建红色框图形式的异质结构呢？

tjuptz · 发表于 Post on 2020-7-26 18:09:19

可以通过VMD的向量变换或着ASE中的numpy相关操作

naoki · 发表于 Post on 2020-7-26 18:16:03

MS中先别去掉周期性，按你想要的晶面cleave surface，然后再build vacuum slab

风飞 · 发表于 Post on 2020-7-26 20:53:03

naoki 发表于 2020-7-26 18:16
MS中先别去掉周期性，按你想要的晶面cleave surface，然后再build vacuum slab

你好，我尝试了一下，我的这个面正好是侧面。请问怎样切合适呢？我尝试了几次，都不是我想要的那个面

风飞 · 发表于 Post on 2020-7-27 10:15:19

我尝试着在MS中在对图一进行了100的切面，得到的结果是图二，正如图二所示，右边多了很大一块真空区域，然后在再在图二的基础上加真空，得到图三，还是没有得到我想要的图四的模型，请问怎样操作呢？

风飞 · 发表于 Post on 2020-7-27 10:18:54

tjuptz 发表于 2020-7-26 18:09
可以通过VMD的向量变换或着ASE中的numpy相关操作

您是说直接修改坐标吗？

naoki · 发表于 Post on 2020-7-27 14:42:57

风飞发表于 2020-7-27 10:15
我尝试着在MS中在对图一进行了100的切面，得到的结果是图二，正如图二所示，右边多了很大一块真空区域，然 ...

上传一下文件我试一下

风飞 · 发表于 Post on 2020-7-27 15:12:43

naoki 发表于 2020-7-27 14:42
上传一下文件我试一下

您好，这是我的cif输入文件,麻烦您帮忙看看，谢谢

躺着ye挨刀 · 发表于 Post on 2020-7-28 09:40:37

你可以先搭建优化一个没有真空的异质结构，然后再切

风飞 · 发表于 Post on 2020-7-28 10:02:18

躺着ye挨刀发表于 2020-7-28 09:40
你可以先搭建优化一个没有真空的异质结构，然后再切

如果自己搭建一个异质结构，很麻烦的，我是否可以先搭建一个这样的异质结构，然后去掉周期性，删除一些原子（如果不删除，原子会很多）重新构造一个表面，切面，然后在加真空，如下图所示

Alex_Long · 发表于 Post on 2020-10-8 20:32:44

想到一个“笨”办法：可以尝试做足够大的supercell，然后在Z轴正常做真空层，随后沿X和Y轴删除原子构造真空层。

风飞 · 发表于 Post on 2020-10-9 09:26:57

Alex_Long 发表于 2020-10-8 20:32
想到一个“笨”办法：可以尝试做足够大的supercell，然后在Z轴正常做真空层，随后沿X和Y轴删除原子构造真空 ...

嗯，明白了，我去试试

谢谢您

不明嚼栗子 · 发表于 Post on 2020-10-9 09:55:50

本帖最后由不明嚼栗子于 2020-10-9 09:57 编辑

得到图3后直接改原来的真空层方向的参数就行

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[建模与可视化] 已具有真空层的结构，请问怎样更改真空层的方向

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