求助Amber生成蛋白参数问题

hhhnano

我在用amber生成一个十肽参数文件时出现了错误，不知如何解决，特请教大家，非常感谢！
>tleap -f tleap.in
.........................................
.........................................
.........................................
  Added 2912 residues.Checking 'alapdb'....FATAL:  Atom .R<ACE 1>.A<HH31 7> does not have a type.FATAL:  Atom .R<ACE 1>.A<HH32 8> does not have a type.FATAL:  Atom .R<ACE 1>.A<HH33 9> does not have a type.

tleap.in文件如下：

#Load the Force Field
source oldff/leaprc.ff14SB

#Load the PDB
alapdb=loadpdb ALA.pdb

#solvate the structure
solvateoct alapdb TIP3PBOX 15.0

#Check & LOADOFF the topology and coordinate files
check alapdb
saveamberparm alapdb ala.asmd.prmtop ala.asmd.rst7

quit

李德贤

报错写的很明显了，你pdb 里有非标准残基（ACE），leaprc.ff14SB只有标准的蛋白力场参数，你需要加载这个小分子的力场参数才行。如果你只需要这个十肽的话，就需要把小分子删掉。

hhhnano

ACE是标准ALA，位于N端，NHE也是标准ALA，位于C端，中间是8个标准ALA，将N端的ALA单独分离出来，无法用antechamber生成lib文件。

chenjinfeng850

hhhnano 发表于 2020-7-26 18:03
ACE是标准ALA，位于N端，NHE也是标准ALA，位于C端，中间是8个标准ALA，将N端的ALA单独分离出来，无法用ante ...

报错信息是你ACE残基中的原子类型名称与AMBER立场中的原子名称不一样，把这几个原子的名称改成AMBER的命名方式，或者把你pdb文件中的氢全去掉，再用AMBER加氢

wuzhiyi

可以先生成正确的名字 再对着改
source oldff/leaprc.ff14SB
ala = sequence {ACE ALA NME}
savepdb ala ala.pdb

hhhnano

多谢chenjinfeng850和wuzhiyi两位的指导，按照两种方法进行测试，方法2成功！

方法1：
1) 使用pdb4amber删除所有氨基酸的H：

pdb4amber -i ALA.pdb -o WT_noH.pdb -y --dry

2) 使用reduce添加H原子：

reduce WT_noH.pdb > WT_H.pdb

3) 使用pdb4amber对加氢后的pdb文件进行规划化处理：

pdb4amber -i WT_H.pdb -o WT_new.pdb


方法2：
source oldff/leaprc.ff14SB
ala = sequence {ACE ALA ALA ALA ALA ALA ALA ALA ALA NME}
savepdb ala ala.pdb